El origen de este monasterio se da en Almázcara. Gonzalo Bermúdez, un hombre muy importante en la corte de León, y su mujer Ildonza fundaron allí un monasterio para monjas benedictinas.

Las disputas de Gonzalo Bermúdez con la corona por rebelarse contra el nuevo rey Bermudo II provocaron que perdiera tanto sus privilegios como sus posesiones.

De este modo el monasterio fue entregado al obispo asturiano Sampiro y se le confirmaría esta donación por dos veces, la última en el año 1120.

Ya en 1152 el control sobre el monasterio pasa a manos de la infanta Sancha, nieta de Alfonso VI y hermana de Alfonso VII. La casa, que había estado vacía durante la dependencia del obispado, pasa a ser ocupada por una comunidad de monjas benedictinas que dependen del Monasterio de Santa María de Carracedo.

Poco después, en 1162, el monasterio ya estaría vinculado a la diocesis de Astorga y en 1189, como la mayoría de conventos benedictinos, pasa a depender de Las Huelgas de Burgos.

Aún así el monasterio no quedaría integrado dentro de la orden del cister hasta los Capítulos Generales del año 1200.

La vida de la comunidad permanería estable hasta 1525. En este año ls religiosas de San Miguel de Dueñas se trasladan al monasterio de San Guillermo de Villabuena debido al estado de precariedad en el que vivían.

Resisten en la nueva ubicación sólo hasta 1531. Es entonces cuando una riada destruye San Guillermo y se decide que todas las monjas se vuelvan a San Miguel. Deberan hacer enormes trabajos para restaurar la casa y adaptarla para, finalmente, volver a instalarse.

En los siglos siguientes, XVII y XVIII, se realizarán las grandes obras que definen el estilo del monasterio y que permiten que el edificio subsista hasta la actualidad.

Ya en el siglo XIX sufrirán los efectos de los decretos de exclaustración de Mendizabal que les obligan a abandonar el monasterio. Pierden gran parte de su patrimonio artístico pero, en cualquier caso, logran regresar pocos años después, en 1861.

Desde entonces la comunidad no ha vuelto a abandonar la casa, incluso se han incorporado algunas religiosas llegadas desde otros conventos, como ocurrió en el año 2000 cuando un grupo de cinco monjas procendentes del Convento de las Bernardas de Alcalá de Henares se trasladó hasta San Miguel.

El monasterio, según las fuentes consultadas, estaba en el término municipal de Congosto, provincia de León.

Dentro de este municipio existen dos unidades territoriales inferiores, Almázcara y San Miguel de las Dueñas, siendo este último del que recibe el nombre.

Resulta imposible determinar la localización exacta en origen del monasterio atendiendo a las fuentes (aunque en la actualidad no haya dudas) por lo que se establecen ambas ampliando así la información sobre la institución.