La fecha de la fundación de monasterio de Carracedo está situada en torno al año 990. En ese tiempo el rey Bermudo II donó el sitio Carracedo y una dotación económica a los monjes benedictinos para que pudiesen construir un monasterio que sirviese de refugio frente a las incursiones musulmanas. En el año 995 se amplió el número de fincas y se anexionó San Salvador de Covas, un pequeño monasterio fundado por Abregón Ioannes a instancia de Bermudo II. En aquellos años el monasterio se llamaba San Salvador de Carracedo.

A pesar de contar con protección real, el monasterio es destruido en el año 997 por Almanzor que se dirigía a Santiago de Compostela. Desde este momento y durante parte del s. XI, el monasterio estuvo abandonado y en estado de ruina. Hasta que en 1138, la infanta Sancha Raimúndez, impulsa el traslado de los monjes de Santa María de Valverde en Corullón al antiguo monasterio de Carracedo. El monasterio de Corrullón había sido fundado en el año 991 y en el año en que se decide su traslado estaba dirigido por el abad San Florencio y atravesaba un momento de desarrollo muy importante necesitando un espacio mayor para la comunidad.

Una vez asentados, comenzó la expansión del monasterio, que obtuvo un poderoso dominio monástico con influencias en una amplia red de monasterios en León, Galicia y Asturias. La adscripción a la orden del císter fue finalizado en 1203, mediante una bula del papa Inocencio III. Desde ese momento pasa depender del monasterio de Citeaux en Borgoña y cambia la advocación del monasterio, la cual pasa a ser Santa María de Carracedo. A partir de ese momento comienza una época dorada para el monasterio, que aunque se interrumpió en el s. XIV debido a la relajación de costumbres monásticas, volvió a remontar con el ingreso del monasterio en la Congregación cisterciense de Castilla en 1505.

En el s. XIX comenzó la decadencia del monasterio, que primero fue ocupado por tropas francesas, durante la Guerra de la Independencia, en 1809 y después sufrió una exclaustración temporal durante el Trienio Liberal, a raíz de la Ley sobre monasterios y conventos de 1820. Los monjes regresaron al convento en 1823 tras el regreso de Fernando VII, pero años después se produjo el cierre definitivo del monasterio tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal en 1835.