La abadía benedictina de Sant Pere de Besalú fue fundada en 977 por el conde-obispo Miró III Bonfill, que la puso bajo el patrocinio de la Santa Sede. Además, le hizo donación de varios derechos y posesiones, entre los cuales algunas iglesias. Su existencia fue oficializada el año 979 con una bula emitida por el papa Benedicto VII donde, además se confirmaban sus posesiones y la vinculación directa con Roma, que se reservaba el derecho a elegir abad.

La iglesia monástica fue consagrada en 1003 por Bernat Tallaferro, también conde de Besalú, quien hizo esfuerzos para incrementar el patrimonio del monasterio con nuevas donaciones. Las complicaciones y diferencias entre el condado de Besalú abadía aparecieron con el sucesor de Bernardo, Guillermo I el Gras, que incluso fue excomulgado por apropiarse de bienes del monasterio. Con el intento de reformarla, el conde Bernat II la unió en 1070 a San Víctor de Marsella, unión que duró hasta el año 1086.

En 1111 con la unión de los condadeos de Besalú y el de Barcelona, mejora la situación del monasterio. El 1424 le fue unido el priorato de Sant Joan les Fonts, esta época de prosperidad se prolongó hasta el siglo XV y mermó considerablemente con la llegada de los abades comendatarios, ya en el siglo XVI. En una maniobra de reorganización monástica del territorio, en 1592 le fueron unidos en los monasterios de Sant Llorenç del Mont y de Sant Quirze de Colera, al tiempo que se integraba a la Congregación Claustral Tarraconense. Sufrió los efectos negativos de la Guerra dels Segadors y a mediados del siglo XVI el lugar se encontraba en condiciones lastimosas e incluso durante un corto periodo de tiempo se trasladó aquí el noviciado de la orden. Más adelante vivió un resurgimiento económico que le permitió emprender obras de mejora de las dependencias monásticas.

Sufre nuevamente en el siglo XVIII las consecuencias de la Revolución Francesa También la Guerra de la Independencia transformaría la abadía en cuartel y se derriba el claustro. Y ya en 1835 el monasterio fue suprimido a raíz de la desamortización. Poco después se recuperó el uso de la iglesia, sufrió nuevas destrucciones y un intento de refundación monástica. Con la Guerra Civil, ya en el siglo XX, volvió a sufrir destrozos.

Actualmente sólo se conserva su iglesia.