El origen del Monasterio hay que situarlo en la segunda mitad del S.X pues se documenta una escritura con fecha del 20 de junio del 962 que así lo demuestra. Pero con anterioridad en el año 952, el rey Luis el Piadoso, desde Reims y a instancia del conde Wifredo de Besalú, ya le había concedido la libre elección de abad y confirmado las posesiones de la iglesia que le precedió, con advocación a San Pedro.

Bajo la protección condal, el monasterio fue creciendo en importancia y propiedades. En 1017 obtuvo del papa Benedicto VIII una bula donde le fueron confirmadas las propiedades y se reafirmaba su independencia. En torno al monasterio crece la población y edifica una nueva iglesia ,quedando la antigua para la comunidad religiosa.

Durante el S.XI viven un periodo de inestabilidad, por lo que pasa a depender de la abadía de Moissac, en el Languedoc, unión forzada que se da hasta 1461. En 1592 le fueron unidos los monasterios de Santa María de Ridaura y Sant Joan les Fonts, también en plena decadencia. El mismo año pasó a formar parte de la Congregación Claustral Tarraconense.

Había sufrido diversos ataques y ocupaciones francesas en los últimos siglos y lo vuelven a ocupar en 1794. El fin de la institución sobrevino con la desamortización de Mendizábal en 1835.