Situado en la parte baja de la ciudad de Girona, toma su nombre de un río cercano. Se desconoce la fecha de fundación del monasterio. El primer documento que hace referencia a él es del año 988, y se menciona este lugar como beneficiario de una donación de bienes. Más adelante aparece en varias ocasiones con motivo de nuevas donaciones. En el siglo XII, en el año 1117, Sant Pere de Galligants fue anexionado por el monasterio de Lagrasse (Languedoc-Rosellón) según lo que se estableció en un documento firmado por Ramón Berenguer III, unión que más adelante confirmó el papa Gelasio II. A pesar de esta dependencia, Galligants continuó teniendo cierta autonomía y abades propios, pero parece que este vínculo tampoco duró mucho tiempo.

Sant Pere de Galligants ejercía la jurisdicción civil y criminal sobre el arrabal de Sant Pere, que se extendía a su alrededor. Durante la primera mitad del siglo XII se construyó la iglesia románica actual, sustituyendo una anterior y más adelante el burgo de Sant Pere y el mismo monasterio fueron rodeados por una muralla que hizo levantar Pere el Ceremonioso en 1375, esta obra afectó a la cabecera de la iglesia que sirvió de defensa de la ciudad en este sector.

En 1592, el papa Clemente VIII le unió los monasterios, también benedictinos, de Sant Miquel de Fluvià (Alt Empordà) y Sant Miquel de Cruïlles (Baix Empordà), que se encontraban en franca decadencia.

El monasterio fue víctima en varias ocasiones de las inundaciones ocurridas debido a su situación cercana al río. En este mismo sentido, sufrió gravemente los efectos de la Guerra de la Independencia que dejó el establecimiento prácticamente en ruinas. Los monjes no regresarían hasta el 1814 y no llegó a reedificarse nunca del todo. Su final llegaría en 1836 fue con la exclaustración.

El lugar fue utilizado como cuartel de Guardia Civil. En la segunda mitad de siglo se levantó el sobreclaustro, se restauró y adaptó como museo y desde 1992 es la sede gerundense del Museu d'Arqueologia de Catalunya. La iglesia se utilizó regularmente hasta la Guerra Civil, después también quedó incorporada al museo.