El origen del monasterio no está claro, aunque se sabe que existía en 1073. En mayo de ese año, en Izán, Elvira Alfón realiza una donación al abad Miguel consistente en el lugar y vasallos de San Martín de Porquera y lo que tenía en Gumiel de Izán, Torrecilla y Torrubia. En estas fechas el monasterio era de monjes benedictinos. Según fray Gaspar Ruiz, el monasterio fue priorato de Santo Domingo de Silos y creado a partir de una hacienda que donó Alfonso VI al monasterio de Santo Domingo.

Durante el s. XII se produjo una gran decadencia de la vida monacal, por ello Alfonso VIII, el 23 de noviembre de 1194, dona el monasterio de San Pedro de Gumiel a Guidón, abad del monasterio de Morimont, para que lo transforme en cisterciense. A partir de este momento se produjo un gran auge del monasterio que se vio en condiciones de ampliar sus terrenos, a partir de compras, entre los años 1225 y 1270. Las adquisiciones cesaron en las últimas décadas del s. XIII, en que los monjes se dedicaron a proteger lo que ya tenían mediante pleitos con los señores territoriales o con vecinos.

En el s. XVIII el todavía conservaba San Pedro una gran extensión y actividad, como demuestra que en 1753 el monasterio acogiese a doce religiosos de misa, y como trabajadores un criado para el abad, un sacristán, dos cocineros, un hortelano, tres criados y cuatro pastores. Aunque la decadencia del monasterio comenzaría ese mismo siglo, en 1780 debido a una mala cosecha comenzó a caer el potencial económico, veinte años más tarde la situación era económicamente mala. Todo esto se vio agravado con la llegada de la Guerra de la Independencia y los saqueos y destrozos que realizaron las tropas francesas.

Tras el fin de la contienda los monjes regresaron al monasterio de San Pedro, pero la aplicación la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos de octubre de 1820, durante el Trienio Liberal, desembocó en la venta de las propiedas del monasterio en 1822. En 1835, con la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizábal, el monasterio cierra definitivamente sus puertas.