Las primeras noticias históricas las encontramos en el año 878, en un precepto del rey Luis II el Tartamudo, donde el lugar es citado como celda monástica dependiente de Sant Esteve de Banyoles. En esta época Sant Pere formaba parte de un conjunto de cuatro celdas (con las de Sant Joan Ses Closes, Sant Cebrià de Penida y Sant Fruitós de lo Vall de Santa Creu), objeto de disputa entre Banyoles y San Polycarp de Rasès, en el Languedoc. En esta época debían existir construcciones muy simples, de las que se han encontrado algunos vestigios. El último prior de este centro fue Tasi, que encontramos citado en el 944 con este título. En aquel momento Santa María de Rodes era dependiente de éste.

El 947 obtuvo la independencia y su primer abad fue Hildesind (947-991), hijo de Tasi. Comenzaba entonces la vida de un gran monasterio, se levantó la iglesia, que fue consagrada en 1022. Comienza una vida prospera que se continúa durante varios siglos. Recibe abundantes donaciones, llegando a controlar numerosas poblaciones e iglesias. El abad actúa como señor feudal lo cuál despierta las envidias de los condes de la región.

A partir del 1100, y durante todo el siglo XII se llevaron a cabo obras de reforma de las dependencias, quizás motivadas por los efectos destructivos de las disputas entre las casas de Peralada y Empúries, que afectaron al monasterio.

Tuvo una gran vitalidad hasta el fin del siglo XIV, pero luego entró en franca decadencia, con la relajación de la vida comunitaria, falta de donaciones a favor del monasterio...etc, a lo que hay que añadir los efectos de la peste negra (1345), que se llevó a veinticuatro monjes y por otro lado, el miedo a la piratería hizo que el lugar se fortificara.

A partir del 1447 el centro fue dirigido por abades comendatarios, lo que agravó su decadencia.

En 1654 el lugar se abandonó durante seis años debido a la guerra, hecho que marca el inicio del expolio de sus bienes.

Los efectos de los enfrentamientos bélicos con los franceses llevaron a sucesivos saqueos.

En el siglo dieciocho se llega a un estado de decadencia total. En 1726 es nuevamente saqueado y en 1798 la comunidad se traslada a Vila-sacra y de ahí a Figueres (1809) buscando una vida más tranquila en el llano.

Desde este momento se cree que, los monjes se habían repartido las rentas, vivían como canónigos en casas particulares dentro del recinto amurallado y la comunidad se llamaba así misma Capítulo, funcionando el abad como un obispo. Las leyes desamortizadoras de 1985 acaban con la institución.

Alguno de los vestigios más antiguos que se conservan de San Pedro de la Roda es: La Biblia de Rodes, ahora en la Biblioteca Nacional de Francia, fue expoliada en 1693.