Sus orígenes parecen remontarse al siglo IX y su fundación se atribuye a Sancho Garcés II.

En 1195 era una comunidad hospitalaria de canónigos regulares de San Agustín. Etapa del ramal Bayona-Pamplona de la ruta jacobea, su hospital, con el de Belate y el de la Trinidad de Arre, jalonaba dicho camino.

En 1210 fue incorporado a la orden premonstratense como filial de la abadía de Casadei, cabeza de la "circaría" de Gascuña. Su primitivo núcleo patrimonial, que la tradición atribuye al caballero Calvet Sotés ("donación sotés"), comprendió principalmente la granja de Urdax y el lugar de Zugarramurdi, así como --entre otras-- la heredad de Zabalegi, en Elorz (1268).

Convertido en abadía en 1221, el hospital llevó a cabo una importante labor asistencial, atendiendo a las iglesias de Ainhoa, Zugarramurdi, Elizondo, Aniz, Arrangoz, Garziain y Eugui. Para mediados del siglo XIII el monasterio había alcanzado un notable prestigio y prosperidad económica, reflejada en préstamos y transacciones. Fue asimismo muy favorecido por los Teobaldos, en gran medida por el apego de la casa de Champaña a la orden premonstratense.

En 1234 Teobaldo I concedió a Urdax la tenencia del castillo de Ascar; tanto este monarca como su hijo Teobaldo II favorecieron testamentariamente al monasterio.

Desde el siglo XIV los abades de Urdax tuvieron en Cortes el asiento inmediatamente posterior al del obispo de Bayona.

En abril de 1482 se celebró una concordia en Elizondo entre el abad de Urdax, los vecinos de Zugarramurdi y el concejo de Baztán. Por él, se reconoce al abad un territorio propio y se le otorgan en los montes comunes del valle los mismos derechos que a sus vecinos, como si fuera uno de ellos.

Tras la conquista de Navarra, en 1520 una de las figuras más destacadas de la resistencia anticastellanista era el abad de Urdax, Juan de Orbara, canónigo de Pamplona. Los informes del Virrey, duque de Nájera, aconsejaban al emperador su destitución, advirtiéndole del peligro que suponía la proximidad del monasterio a la frontera. Nájera envió el 17 de julio al capitán Martín de Ursúa para quitar la abadía a Orbara. Invocadas las leyes del reino por el abad frente a tal requisitoria, Ursúa forzó el monasterio y expulsó a los monjes, ocupándolo militarmente.

Aunque hasta 1566 estuvo encuadrado en el ámbito del obispado de Bayona, al incorporarse Navarra a la corona de Castilla, Urdax quedó incorporado a la congregación premonstratense de Castilla (1515), siendo en esta época cuando los abades comienzan a ser trienales. A los abusos señoriales de los abades perpetuos, suceden las ingerencias de la corona castellana de los trienales, basadas en el patronato concedido por Adriano de Utrech a Carlos I en 1523. Durante el reinado de Felipe II se suceden los intentos de independencia respecto a los superiores franceses de la Orden, reflejados en los capítulos de 1573, 1594 y 1600.

Los siglo XVI y XVII conocieron continuos pleitos entre el monasterio y los habitantes de Urdax, Zugarramurdi y Baztán por liberarse éstos de las prestaciones personales y reales que la jurisdicción señorial de la abadía les imponía. En 1662 los vecinos laicos consiguieron de la corona que los cargos concejiles se designaran por insaculación, aunque en realidad el abad escogía entre los candidatos al cargo elegidos. Al año siguiente, Urdax y Zugarramurdi rescataron la jurisdicción criminal por 3.800 ducados. Durante el siglo XVIII los pleitos con Baztán sobre aprovechamientos se recrudecen. Finalmente, en 1774, Urdax se liberó de ambas jurisdicciones y obtuvo la condición municipal realenga; en 1785 la Cámara de Castilla dictaminó el reconocimiento de la propiedad municipal del término, hasta entonces del monasterio.

En octubre de 1793 las tropas de la Convención francesa saquearon e incendiaron totalmente el monasterio y la villa de Urdax, quemando también una gran extensión de bosque; siete años más tarde sólo contaba esta con 4 casas en pie. Arruinado totalmente el monasterio, los monjes se refugiaron en Loiola. Los vecinos solicitaron el retorno de la comunidad que, tras dos años de restauraciones, volvió en 1806.

En 1809 José Bonaparte decreta la supresión de las órdenes religiosas, siendo la comunidad de Urdax exclaustrada hasta 1814. Una nueva exclaustración tuvo lugar entre 1820 y 1823. Desaparece definitivamente la comunidad en 1839, cuando el final de la guerra carlista permitió poner en práctica la incautación promulgada por el conde de Toreno en 1835, siendo los edificios del monasterio destinados a cuarteles.