En Monte Corbán se conoce la exitencia de ermitaños desde el Siglo XIV, que habitaban las cuevas cercanas a la ermita de Santa Catalina

El origen del monasterio está en la fusión de dos ermitas:

-La ermita de Santa Catalina: Habitada por cinco hombres de fe, el 14 de septiembre de 1407 se expide la autorización por la que se convierte en el primer monasterio de la orden en Santander. En 1409 se le concedía a esta ermita los mismos privilegios de los que gozaba San Jerónimo de Guisado.

-Santa Marina en la Isla (Península) de Los Conejos: ocupada por un canónigo de la colegiata de Santander con una reducida comunidad. Pasando a ser monasterio en 1411.

En 1416, por el Capítulo General, se unieron las dos pequeñas comunidades en Santa Marina, pero debido a las inconveniencias de la casa. En 1418 se trasladaron a Monte Corbán quedando allí su fundador, Pedro de Hoznayo, canónigo de la Colegiata de los Cuerpos Santos de Santander y Arcipreste de Latas, con la obligación de mantener en La Marina al menos dos frailes y uno presbítero.

Por una bula de julio de 1419 de Martin V, Santa Marina quedaba sometida a Monte Corbán, lo cual no se hizo realidad hasta 1421.

A partir de entonces las donaciones se hicieron frecuentes y la prosperidad del monasterio mejoró: Pedro Ruiz de la Llanilla, Gonzalo de Mortera y otros, donaron a dicho monasterio una amplia heredad. En 1411, Diego Ibáñez de la Concha y Garcí Gómez. La Capilla del Evangelio, funadada por Gutierrez Díaz de Ceballos. En 1415, Marina Fernández, hija de Diego Sánchez Calderón. La Capilla de la Epístola es fundación de Juan Gutiérrez de Barcenilla y Catalina González Setén en 1444. En 1620 contó con el patronato de Pedro de Liermo (Aposentador de la Cámara y sobrino y heredero de Juan de Herrera) y su mujer, Luisa de Avila Briceño, entre otros muchos donantes.

Entre 1790 y 1800 Antonio de San Miguel, obispo de Comayagua y de Michoacán, edificó el claustro barroco.

Pasó por las desamortizaciones de 1810 (Muy posiblemente 1809) y 1820, y en 1834 se acuartelaron en él las tropas inglesas que habían venido en auxilio de la reina.

Sufrió la exclaustración definitiva en 1835.

Tras el cierre definitivo y a pesar de que permaneció abierto, no sufrió en exceso, de modo que en 1849 el Obispo de Santander, Manuel Arias, inició el proyecto de rehabilitarlo con destino de Seminario (Seminario del Corbán, inagurado en 1852), función que todavía conserva. En este Seminario se conserva el Archivo Diocesano de Santader.

En 2001 se le otorga la categoría de Bien de Interés Cultural