El Monasterio fue fundado en el 820 por el abad Deodat y en un principio estuvo dedicado a Sant Medir y Sant Genís. El rey Luis el Piadoso le concedió un precepto de inmunidad, precepto que fue confirmado posteriormente por Carlos el Calvo en el 844 y en el 860.

En el 949 se trasladó a un nuevo emplazamiento, el actual, dentro del término municipal de Amer.

Fue reconstruido y se consagró la nueva iglesia, dedicada a Santa María. Fue dotado con bienes y rentas, entre los cuales, los procedentes de Sant Medir. El monasterio tuvo jurisdicción sobre lugares y parroquias de su entorno. Aunque estuvo vinculado con el obispado de Gerona durante los siglos XI y XII, se mantuvo independiente.

En el siglo XV había entrado en decadencia e incluso algunas dependencias monásticas se encontraban en estado ruinoso, que se agravó con los terremotos de los años 1425 a 1428. En el mismo siglo, y a pesar de las penurias económicas, se procedió a su restauración. En 1592 le fue anexado el monasterio de Santa Maria de Roses que estaba en decadencia pero la situación no mejoró y en el siglo XVIII lo que quedaba de aquella comunidad se trasladó a Amer. Santa Maria del Coll fue un un priorato de Amer. Durante el siglo XVII sufrió varios episodios de carácter militar por los que resultó afectada la población de Amer y el monasterio particularmente. Ya en el siglo XIX, fue desamortizado temporalmente durante el Trienio Liberal y definitivamente en 1835, cuando se perdieron buena parte de los bienes muebles mientras que los inmuebles pasaban a manos particulares y la iglesia tomaba las funciones de parroquia, que en 1936 volvió a sufrir destrozos a causa de la guerra civil.