El origen del Monasterio se remonta a los inicios del siglo XI. En el año 1025 el rey Sancho III implanta la orden de San Benito en el monasterio de San Juan de la Peña. Lo que hasta entonces había sido una residencia dúplice pasa a estar ocupada únicamente por monjes.

En ese momento las religiosas que lo habían sido de San Juan se instalan en una zona cercana. Se trataría de Santa Cruz que con los años llegó a conocerse como Santa Cruz de Serós por el apócope de sorores referido a las hermanas que habitaban el convento. Esto nos indica la importancia del nuevo monasterio y la influencia que llegó a ejercer sobre la zona.

A partir de entonces la nueva casa recibió el apoyo y disfrutó del patronazgo de importantes personalidades. El propio hijo del rey Sancho III, Ramiro I, mandó edificar una nueva iglesia, les otorgó bienes suficientes para mantener una hospedería e incluso les confió a su propia hija Doña Urraca para que ingresara en el monasterio.

Aún así, la época de mayor esplendor para el monasterio llegaría a finales del siglo, en torno al año 1070. En ese momento ingresa otra de las hijas de Ramiro I, Doña Sancha.

Era una mujer de gran influencia en los reinos de Aragón y Pamplona. Había quedado viuda del conde Ermengoll III por lo que decidió ingresar como religiosa en el convento. Fue designada como abadesa y comenzó a prestar a la casa toda la protección que le fue posible.

Antes de fallecer en torno al año 1095 quedó hecho un testamento a favor de la iglesia del monasterio y de la comunidad de monjas. Sería enterrada en un sarcófago que se guardó en la iglesia hasta que fue trasladado a Jaca en 1622.

El valor de este sarcófago es incalculable. Aparte de ser uno de los vestigios del románico mejor conservados, destaca la riqueza con la que se decoró y la importancia de la persona que lo ocupó.

Durante los siglos siguientes, XII y XIII, el monasterio comenzaría a perder importancia. Había sido un punto de gran influencia de los reyes de Aragón, incluso habían llegado a financiar las diferentes guerras y conflictos para favorecer la expansión del reino pero precisamente esa sería la causa de la pérdida de valor. Los límites geográficos habían cambiado y crecido por lo que el monasterio dejó de estar en el epicentro del reino. Lo mismo ocurriría con su vecino San Juan de la Peña.

Aún así resistirían en el monasterio hasta mediados del siglo XVI. En ese momento Felipe II ordena el traslado de las religiosas a una nueva casa en la población cercana de Jaca. Concretamente, el 1 de julio de 1555 el monasterio queda exclaustrado y las monjas instaladas en el nuevo, conocido como Santa Cruz de la Serós de Jaca.

El antiguo monasterio quedó totalmente abandonado y comenzó a desaparecer. Sus materiales fueron empleados para la construcción de viviendas. Si se respetó la Iglesia de Santa María. Sobre ella se han llevado a cabo magníficos trabajos de restauración que han permitido que, aún a día de hoy, cumpla con la función de parroquia.

En el nuevo monasterio de Jaca ha resistido la comunidad de monjas benedictinas hasta la actualidad. El conjunto ha sido muy reformado durantes estos casi cinco siglos y conserva como valor la iglesia de San Ginés, cedida al monasterio en 1579, y la antigua cripta en la que se conservaba el sepulcro de Doña Sancha.

Mantiene una colección de pinturas románicas de gran valor, que junto con el famoso sepulcro, han comenzado a exponerse al público en una sala adaptada dentro del recinto (Colegio de las benedictinas).