Está ubicado en un paraje entre rocas, en el Alto Aragón. Fue centro del poder religioso y político durante los siglos XI y XII. Así, acoge en su interior la sepultura de grandes reyes aragoneses y navarros como Sancho el Mayor, Ramiro I o Alfonso I el batallador y se convirtió en lugar de peregrinaje en la vía francesa del Camino de Santiago.

No están muy claros los motivos de la fundación de este monasterio en la sierra donde ahora se localiza. Se tiene constancia literaria sobre el asentamiento de eremitas en esta zona, entre ellos los hermanos Voto y Félix y de la construcción, en el siglo X , de una iglesia mozárabe dedicada a san Julián y santa Basilisa. En el mismo siglo se funda un pequeño centro monástico dedicado a San Juan bautista desde el cual se pudiera administrar y controlar la región. Sin embargo será en el siglo XI cuando el cenobio se convierta en un gran centro político y religioso gracias a las donaciones de monarcas y señores, tanto aragoneses como navarros.

Sancho Garcés III, rey de Navarra, introduce la regla de San Benito en 1025, por lo que se instalan en San Juan de la Peña monjes huidos del monasterio francés de Cluny. En 1071 se reza por última vez bajo el rito mozárabe y a finales de siglo se convierte en panteón de reyes y mausoleo de nobles, sus principales benefactores.

Durante el reinado de Sancho Ramírez se amplía el conjunto. El objetivo era convertir la región en un gran centro religioso por lo que encarga la construcción de una nueva iglesia, la iglesia alta, que se terminará en el año 1094. El nuevo templo se inaugura por su hijo Pedro I. El Monasterio se renombra como San Juan de la Peña, denominación motivada por su emplazamiento bajo una gran roca. En los siglos posteriores se añaden nuevas dependencias acordes con la importancia del centro monástico, a pesar del declive que sufre durante el siglo XII por los continuos conflictos entre los monjes y los obispos de Jaca, Huesca y Zaragoza y por el cese de donaciones de la corte. Será Ramón Berenguer IV quien propicie la vuelta al orden y quien impulse la construcción de un espléndido claustro y la decoración pictórica de la iglesia.

La decadencia del monasterio comienza en el siglo XIII. Al abandono económico de sus donantes se unen las malas condiciones geográficas y climáticas del edificio, que propician la iniciativa de los monjes a trasladarse a un nuevo monasterio en la población de Agüero. El traslado no se consuma.

En el siglo XVI el abandono institucional del monasterio es un hecho, cuando el papa Pío V separa la diócesis de Huesca de la de Jaca. Para dotar la nueva sede de la Jacetania se utilizan propiedades del monasterio de San Juan de la Peña, situación que acelera la debacle económica de esta comunidad religiosa. Por otro lado, en 1675, sufren un gran incendio que provoca la destrucción de muchas de sus dependencias. Los monjes hacen frente a este incidente y a varios saqueos posteriores a pesar de lo cual los benedictinos tarraconenses deciden el traslado de los monjes a un nuevo monasterio situado en la cercana llanura de San Indalecio (ahora conocido como, monasterio moderno de San Juan de la Peña) se finaliza su construcción en 1714.

En el antiguo monasterio solo permanecen dos monjes que se ocupan de su mantenimiento. El abandono del inmueble es progresivo durante los siglos posteriores así como la pérdida de muchos de sus bienes. A fines del siglo XVIII los conflictos entre España y Francia hacen que el rey Carlos IV entregue parte de la orfebrería perteneciente al monasterio para fundirla como moneda para sufragar los gastos de la monarquía. La Guerra de la Independencia, acontecida un siglo después, supone la destrucción del monasterio nuevo por parte de los franceses y el expolio de muchas piezas litúrgicas. La vida monacal desaparece del conjunto monástico en 1835 cuando Isabel II castiga el apoyo dado por los monjes a las tropas carlistas.

Con la desamortización de Mendizábal el edificio pasa a ser propiedad nacional. En 1843 el Estado cede el conjunto monástico a la Diputación de Huesca para su mantenimiento.

En 1889 obtiene el título de Monumento Nacional y en 1920 es declarado Sitio Nacional por el rey Alfonso XIII. El Gobierno de Aragón completa su declaración como Bien de Interés Cultural con la protección del conjunto monástico y su entorno el 2 de febrero de 2004.