Fundado en 1504 por Beatriz Galindo (1465 - 1535), en un principio sobre unas casas de su propiedad en la madrileña calle Toledo, junto al hospital de la Latina que ella misma había fundado. Está ubicación pronto encontró problemas, en concreto con el Guardián del convento de San Francisco el Grande, el cual interpuso un pleito por los pocos metros que distaban entre su convento y este, quizás motivado también por que Francisco Ramírez (-1501)(Marido de Beatriz Galindo, secretario general de los Reyes Católicos y general de artillería, apodado "El Artillero") había prometido en vida esas casas a los franciscanos, lo cual no se cumplió.

La fundadora tuvo voluntad expresa de que las religiosas fueran hidalgas o hijas de caballeros.

De tal manera que pronto llegó la sentencia de la Rota Romana favorable a los frailes, a pesar de contar Beatriz con el apoyo y la intervención del rey Fernando (1452-1516) ante el Papa, por lo que tuvieron que mudarse a la casa y majuelo propiedad del mayorazgo del difunto marido de la maestra de Isabel de Castilla (1451-1504), donde el 15 de mayo de 1508 ya estarían asentadas, inagurándose al año siguiente.

En 1644 se funda, de la mano de Diego Liñán, la comunidad de Padres del Salvador y en 1658 se trasladó a unas casas de la propiedad de Liñan ubicadas de espaldas a la Cárcel de la Corte.

El convento fue derribado en 1890 para abrir la calle Duque de Rivas (O Colegiata) trasladándose la comunidad al cruce entre la calle Lista y Velázquez, por entonces a las afueras de Madrid. El nuevo inmueble lo pagó el Ayuntamiento de Madrid. Los sepulcros vacíos de matrimonio fundador (Beatriz Galindo y Francisco Ramirez) fueron trasladados a la Casa y Torre de los Lujanes.

Al finalizar la Guerra Civil española, el convento ya arrastraba demasiado deterioro, hasta que en 1964 se decidió su venta. La comunidad de religiosas formada por 32 monjas se trasladó entonces a unos terrenos en el Goloso, cedidos por Cristina de Arteaga Falguera (1902-1984).

El nuevo hogar es demasiado grande y costoso para sus necesidades, por lo que en 2001 se vendió la mitad del solar y se construyó una residencia de la tercera edad. El 20 de octubre de 2004 las doce monjas a las que se ha visto reducida la comunidad están asentadas en el edificio donde actualmente residen.

En la actualidad pertenece a la Federación Jerónima de Santa Paula, erigida en 1957 y que cuenta con quince monasterios femeninos, en torno al de Santa Paula de Sevilla.

En la actualidad la parcela destinada a convento derribada en 1890 - Calle Duque de Rivas- es, cuatro siglos después, uno de los mas bellos palacios existentes en la Capital y lugar de residencia y representación de los

Ministros de Asuntos Exteriores de España: El palacio de Viana.

Cristina de la Cruz de Arteaga dice que "En la lámpara del sagrario de la Concepción Jerónima prendió la antorcha extinta con la desamortización, pues don Manuel Sanz Dominguez tomó allí contacto con la Orden Jerónima, privada de sus hijos, y sintió la loca ambición de restaurarla".