El Monasterio de la Encarnación de Málaga fue fundado el 6 de octubre de 1650. El origen del convento estaba en la división del convento femenino fundado en la ciudad el 2 de julio de 1604. Inicialmente, esta comunidad se fundó como un convento de monjas carmelitas descalzas, pero después se convirtió en un monasterio de monjas cistercienses para no hacer competencia al convento carmelita ya existente en Málaga. El monasterio se puso bajo la advocación de Santa Ana.

El Monasterio de Santa Ana se fundó como casa de acogida de mujeres, pero perdió ese origen con el paso de los años. A partir de 1617 se amplió el número de plazas del monasterio a 25 gracias a una dote, lo que provocó crecientes conflictos sobre el gobierno del monasterio entre las antiguas monjas y las monjas procedentes de la dote. Finalmente, las monjas acabaron solicitando al obispo de Málaga la división del monasterio en dos comunidades cistercienses independientes. Así nacieron en 1650 la Abadía de Santa Ana del Císter y el Monasterio de la Encarnación. Las monjas de Santa Ana se quedaron con el edificio, pero asumieron los gastos de construcción de un nuevo edificio para el Monasterio de la Encarnación.

Posteriormente, el Monasterio de la Encarnación se reunió temporalmente con la Abadía de Santa Ana en dos ocasiones. En 1680, las monjas de la Encarnación tuvieron que trasladarse a la Abadía de Santa Ana debido a los daños ocasionados por el terremoto que sufrió Málaga el 10 de octubre de ese año. En 1810, durante la Guerra de la Independencia (1808-1814), las autoridades francesas unificaron ambas comunidades, aunque las monjas volvieron a separarse después del conflicto.

El Monasterio de la Encarnación no fue suprimido por la legislación exclaustradora del siglo XIX, aunque sí perdió gran parte de sus bienes. En 1873 su antiguo edificio fue demolido por las autoridades municipales. Hace unos años, la comunidad se unió al Monasterio de San Bernardo de Málaga debido a su reducido número.