A finales del siglo XVI y junto a la desaparecida Casa de los Riva Herrera, única casa que acogía a los reyes a su paso por la ciudad de Santander, Doña Magdalena de Ulloa, tutora de don Juan de Austria y esposa del mayordomo de Carlos V, don Luis de Quijada, al igual que hiciera en otras ciudades, fundó un colegio para la Compañía de Jesús. De este Colegio hoy,sólo queda la iglesia. Se apunta como fecha de fundación al año 1595, momento en el que se presenta el proyecto del edificio pero, la construcción no se iniciaría hasta 1607 y finalizaría alrededor de 1620, entre otros motivos por la oposición de la colegial santanderina. La obra se atribuye a Juan de Nates y a Alonso de Tolosa, ambos arquitectos de la Orden. La construcción del templo no empezó hasta el año 1607, sufriendo un parón entre los años 1617 y 1619. En 1637 el patronazgo de la Iglesia, con advocación a la Anunciación, se cedería al Marqués de Villapuente, don José de la Puente y Villa Castejón. La construcción de este Colegio generó en Santander un espacio urbanístico nuevo en la ciudad, en el que se abre la Plaza Nueva, en torno a la cual se establecen edificios más representativos de las fuerzas socio-económicas del momento. Los jesuitas no sólo atendieron a las labores del templo y la formación en el Colegio, al tiempo ejercitaron ministerios diversos, tales como la predicación, la asistencia a enfermos, misiones y confesiones. Su actividad finaliza con el decreto de expulsión aplicado por Carlos III.

La Compañía abandona el edificio, tras el Decreto de expulsión y no volvería a Santander hasta 1850, durante el reinado de Isabel II (1833-1868), esta vez ocupando unas casas particulares. Con el aumento de sus actividades se plantean adquirir casa propia, a finales del S.XIX se establecen en la que es actualmente, la Iglesia y residencia del Sagrado Corazón.