La llegada de los primeros jesuitas a Barcelona se produjo en 1545, a penas dos religiosos, los padres Araoz y Fabro que, no cuentan con un lugar fijo para establecerse. Después de pasar por varios establecimientos en la ciudad y de ser conocida su labor por Francisco de Borja y la familia de este, contarán con ayuda para adquirir unas casas, con sus corrales y huertos frente a la segunda muralla de la ciudad, al otro lado de la Rambla. Según estudios consultados, consideran necesario la construcción de su propia iglesia para llevar a cabo su labor misionera y es en estos inmuebles donde se establecerá este primer templo. Se situaban próximos a la Universidad, y fueron ampliando su espacio que, con el tiempo incluiría el colegio que tomara como advocación de Nuestra señora de Belén. Estos primeros religiosos trabajaron en favor de la mayor frecuencia de los sacramentos de la confesión y la comunión, así como en la atención a las niñas huérfanas, creando un orfanato. La primera iglesia de Belén se inauguró en 1555, pues la actual responde a finales del siglo XVII y sirvió de base para la realización de los habituales ministerios, como ocurría en otros lugares. La casa era un colegio, como todos domicilios de los de la Compañía, pero las lecciones no comenzaron hasta 1566, debiendo esperar tres años para las propias de teología, aunque pronto comenzó el contacto y asistencia con los estudiantes teólogos del Estudio general. Sin embargo, el colegio de Belén contaba con una misión especial: la de servir de casa de huéspedes de los jesuitas que iban y venían de Italia y de Europa, pasando por este puerto internacional, ya entonces, de Barcelona. Entorno a la iglesia y Colegio de Belén, años después, se organizó la labor Pía de la Orden y la devoción mariana de la misma, a través de la Congregación de la Natividad de Nuestra Señora, fundada en una de sus capillas. Esta Congregación se sustenta con la donación de artesanos, mercaderes y pudientes de la ciudad, que costean la creación de de hospitales y el cuidado y visitas a los presos en las cárceles de Barcelona, entre otras actividades. En 1896 esta Congregación pasa a ser religiosas adheriéndose a la Orden Franciscana.