El Hospicio de Indias, sirvió de albergue, estudio (dialectos indios) y aclimatación a los religiosos que se embarcaban hacia América para evangelizar a los indígenas. Este mismo edificio hospedó a los jesuitas expulsos de las Indias y, más tarde, a soldados franceses hechos prisioneros en la batalla de Bailén de 1808. La presencia de los jesuitas en El Puerto data del siglo XVII, en que el padre Bonifaz pensó fundar un colegio de Predicadores en la Ciudad, para la enseñanza. El proyecto no pudo llevarse a cabo debido a la inflexibilidad del duque de Medinacelli. Por otro lado la Compañía de Jesús gestionaba una sede del Hospicio de Indias en el Puerto de Santa María, también conocido como Casa de la Misericordia desde 1670. En realidad esta institución sirvió de albergue, estudio (dialectos indios) y aclimatación a los religiosos que se embarcaban hacia América para evangelizar a los indígenas. Este mismo edificio hospedó a los jesuitas expulsos de las Indias y, más tarde, a soldados franceses hechos prisioneros en la batalla de Bailén de 1808. Algunas fuentes apuntan a la existencia de un colegio jesuita que funcionaba paralelamente a esta casa, y que se construiría en 1735, se desconoce el nombre. Actualmente el Hospicio ya no existe y el colegio jesuita que se conserva y está en funcionamiento es el llamado San Luis Gonzaga, del S.XIX, que podría haberse construido sobre el colegio antes citado. Es difícil documentar el desarrollo del Colegio de San Francisco Javier, por la contradicción que vierten las fuentes, su asociación con el hospicio y los pocos datos que de el se conservan.