Los jesuitas llegaron a Jerez de la Frontera en el último cuarto del siglo XVI a petición del Cabildo jerezano para atender a las demandas docentes que había en la ciudad, sobre todo en estudios de humanidades y latín. La solicitud fue elevada al Consejo Real, que en 1580 concedió a la Compañía la fundación de un colegio asignándole unas rentas anuales para su mantenimiento.

Después de varios intentos de establecerse por la ciudad, en unas casas de la calle Francos y luego en el antiguo hospital de San José, el asentamiento definitivo del colegio se llevó a cabo en 1603 en lo que se conoce como Plaza de la Compañía. La fundación está fechada en la escritura a de 24 de julio y el patronato corrió a cargo de Don Álvaro de Figueroa dándole el título de Santa Ana, aunque dos años más tarde quedó definitivamente bajo la advocación de Santa Ana de los Mártires.

La construcción del colegio e iglesia en los terrenos cedidos por el ayuntamiento chocó en los primeros años con los intereses del convento vecino de las monjas Mínimas de San Francisco de Paula, pero de la disputa salieron victoriosos los jesuitas ya que en esas fechas la importancia de las órdenes religiosas masculinas era superior a la de las femeninas.

Las obras del colegio se pusieron en manos del arquitecto de la Orden Pedro Sánchez y se finalizaron en apenas dos décadas. En 1631 se sabe que las aulas estaban a pleno rendimiento e incluso pronto se quedaron pequeñas para la cantidad de alumnos que querían estudiar en ellas, se iniciaron entonces las negociaciones con el Ayuntamiento para ampliar las instalaciones, las cuales volvieron a tener luz verde por parte del cabildo jerezano.

La siguiente construcción que se puso en marcha fue la de la iglesia, iniciadas las obras en 1669, tres años más tarde ya se podía observar el resultado finalizado en la Capilla Mayor. Sin embrago todo el templo y parte de las instalaciones del colegio quedaron arrasados en diciembre de 1679 por culpa de un incendio. Buena parte del conjunto se tuvo que derribar y se volvió a pedir la ayuda al Consejo Real, que en esta ocasión no colaboró porque la ayuda fue destinada para otro edificio que igualmente necesitaba ser restaurado, la Colegiata del Cabildo.

Fue el ayuntamiento el que volvió a apoyar a los jesuitas para poner en marcha de nuevo sus proyectos, los 4000 ducados ofrecidos por el consistorio jerezano sirvieron para que, a inicios del siglo XVIII, ya se vieran los resultados de las obras restauradas. El nuevo templo de planta rectangular con tres naves, cubierto en su parte central por una bóveda de medio cañón, no respondía a los cánones de la mayoría de las iglesias de la Compañía y sí al de otras edificaciones medievales típicas en Jerez.

En 1704 las obras estaban acabadas y en él permanecieron hasta la expulsión de los religiosos en 1767. Un siglo más tarde volvieron a Santa Ana, en 1887, las obras de restauración quedaron en esta ocasón en manos de Don José Esteve y López y el templo pasó a llamarse iglesia de San Ignacio. En esta iglesia los jesuitas permanecieron hasta la década de los setenta del siglo XX cuando la iglesia dejó de tener un uso religioso.

La comunidad de jesuitas inauguró posteriormente su nueva ubicación, la iglesia de la Madre de Dios; en la que han permanecido hasta el junio de 2015 que proyectaron trasladarse a la parroquia de San Francisco en El Puerto de Santa María.