Arquitecto vizcaíno asentado en Castilla. Es uno de los representantes más notorios de la primera arquitectura clasicista castellana. Natural de la anteiglesia de Santa María de Axpe en la merindad de Busturia (Vizcaya) donde nació y fue bautizado el 16 de diciembre de 1710. Hijo de Juan de Sagarbinaga y María Cruz de Álbiz, ejerció la arquitectura desde muy joven trasladándose a Madrid en los años treinta en los que comienza ya a intervenir en las obras que se ejecutaban en el Palacio Real de Madrid y en el conjunto de Aranjuez.

En 1741 contrajo matrimonio con la burgalesa Saturia de la Horra (?-1766), cuñada del también destacado arquitecto vasco Domingo de Ondátegui, con la que tuvo diez hijos, de los que únicamente le sobrevivieron cuatro y uno continuó su profesión de arquitecto, Juan Marcelino de Sagarbinaga (1753-1807). La estrecha vinculación con su familia política se relaciona con su colaboración con Ondátegui en varias obras realizadas en territorio de las provincias de Burgos, Soria y Valladolid. En los años cuarenta trabaja en la Catedral de El Burgo de Osma (Soria) y a partir de 1745 dirige la importante transformación de Colegiata de Nuestra Señora del Manzano en Castrojeriz (Burgos). Intervino en varias ocasiones en el Colegio de Santa Cruz de Valladolid.

En 1755 es nombrado maestro mayor de las obras de la Catedral Nueva de Salamanca, motivo de su traslado y definitivo asentamiento en esa ciudad donde permaneció hasta su muerte. Allí trabajó intensamente colaborando en varios proyectos como el Puente Mayor, las obras de la Plaza Mayor de los años setenta o los colegios mayores de Oviedo y Anaya o San Bartolomé. En ocasiones tuvo que residir temporalmente fuera de la ciudad para dirigir varias obras, desarrollando en los años sesenta y setenta una intensa actividad en colaboración con su hijo Juan Marcelino, que se convirtió en su principal apoyo. En 1761 fue nombrado maestro de la Catedral de Ciudad Rodrigo. Desde los años sesenta fue requerido en distintas ocasiones por el Consejo de Castilla para informar diversas obras de utilidad pública como puentes, caminos y calzadas principalmente en Castilla y La Rioja.

Académico de mérito de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando desde 1788. Fue nombrado maestro arquitecto de la ciudad de Salamanca en 1805. En 1771 solicitó un reconocimiento de vizcainía en la Chancillería de Valladolid, posiblemente en relación con un litigio pleiteado entre 1770-1771 con el cabildo de Salamanca en el mismo tribunal que proporciona interesantes datos biográficos personales y familiares. Este reconocimiento llevaba parejo el disfrute de la condición de hidalgo, que obtenían como privilegio universal los naturales u originarios del señorío de Vizcaya e implicaba un trato procesal también privilegiado, aunque en dicho expediente Juan declara explícitamente proceder de la casa-torre solariega e infanzona de sus antecesores.

Murió a los ochenta y siete años en Salamanca el 18 de diciembre de 1797 y fue enterrado en la Catedral Vieja de esa ciudad, de la que era feligrés.