Tras la decisión de la Convención Nacional de suprimir todas las universidades de Francia en septiembre de 1793, las puertas de la antigua Universidad de Perpignan cerraron sus puertas durante más de siglo y medio. El restablecimiento de algunos centros de enseñanza superior decretados por Napoleón en marzo de 1808 no la afectó, como tampoco lo hizo la ley de 10 de julio de 1896 por la que se restablecían las universidades. Todos los intentos llevados a cabo a lo largo del siglo XIX para darle nueva vida fracasaron.

En 1955 el Conseil Départemental des Pyrénées-Orientales comunicó a la Universidad de Montpellier -que sí había reabierto en 1896- el proyecto de creación de un centro de enseñanza superior en Perpignan limitado a los cursos de primer año de Derecho, Letras y Ciencias. Dos años más tarde, el 19 de enero de 1957 se inauguraron los primeros cursos de derecho en el nuevo Institut d'Études Juridiques et Économiques des Pyrénées-Orientales, y a comienzos de mes siguiente, los de literatura en el nuevo Institut d'Études Supérieures des Lettres de Perpiñán, dependientes de las Facultades de Derecho y de Letras de Montpellier, respectivamente. En noviembre de ese mismo año comenzaron los de matemáticas. La solemne ceremonia de apertura de los estudios superiores en Perpignan tuvo lugar el 7 de noviembre. El 30 de octubre de 1958 se decreta la creación de un Colegio Científico Universitario (CSU) y el 29 de abril de 1963 la del Colegio Literario Universitario (CLU); también por entonces se ponía en marcha el Instituto de Estudios Jurídicos (IEJ). Poco a poco fueron ampliándose el número de cursos y disciplinas que se impartían en Perpignan, así como los edificios del campus universitario.

Como consecuencia de la ley de de reforma universitaria aprobada el 12 de noviembre de 1968, conocida como Ley Fauré, nombre del por entonces ministro de Educación Nacional, el 17 de diciembre de 1970 se decretó la creación del Centre Universitaire de Perpignan, con efectos a partir del 1 de diciembre de 1971. Sin embargo, todavía no disponía de autonomía pedagógica y dependía de Montpellier. Tendrá que esperar al 22 de febrero de 1979 para adquirir el rango de universidad, con el título de Université Perpignan Via Domitia, así como un nuevo estatus que le proporcionó autonomía financiera, administrativa y pedagógica.

En la actualidad stá compuesta de cuatro unidades de formación e investigación (UFR) o facultades (Letras y Ciencias Humanas, Ciencias Jurídicas y Económincas, Ciencias Exactas y Experimentales y Ciencias y Técnicas de Actividades Físicas y Deportivas), tres institutos (Tecnologías Administración de Empresas y Transfronterizo Fraco-Catalán), una escuela de Ingeniería y dos centros universitarios (Estudios franceses y de Idiomas y certificaiones

Además de las tres sedes de Perpignan, cuenta con otras en Font-Romeu y Tautavel (Pirineos Orientales), Carcassone, Narbona (Aude) y Mende (Lozère).