Obispo español. Hijo de Pedro González y Francisca Gómez.

Pasó a México, en 1562 en compañía de un tío suyo, ingresando dos años más tarde en la orden de San Agustín. Residió principalmente en el convento agustino de Michoacán, mientras realizaba sus estudios. En 1574 regresó a España en compañía del también agustino Diego de Herrera, quien había realizado varias misiones de evangelización en Filipinas y volvía para dar cuenta de los abusos contra los naturales que había presenciado. Atendidas sus peticiones por varias cédulas de 1574, el padre Herrera volvió a Filipinas en compañía de varios miembros de su orden al año siguiente, falleciendo con toda su expedición en un naufragio al año siguiente.

Juan Gonzáles de Mendoza permaneció en España, siendo nombrado superior en conventos de Soria y Granada y trasladándose finalmente al Convento de San Felipe el Real, en calidad de predicador. Fue confesor del presidente del Consejo de Indias, Antonio Padilla Meneses , y en 1580 fue designado con otros dos agustinos para representar a Felipe II en una embajada ante el emperador de China.

La expedición partió de Sanlúcar el 18 de febrero de 1581, pero nunca llegaría a China, sino que se detuvo en Nueva España, de donde González de Mendoza regresó en 1582, desembarcando en Lisboa.

Pese a no haber pisado nunca suelo chino, en 1585 publicó en Roma su Historia de las cosas más notables, ritos y costumbres del reino de la Chin a, obra de inmenso éxito que conoció hasta 60 ediciones e influyó durante siglos en la visión europea de aquellos territorios.

Su carrera eclesiástica lo llevó a ser nombrado obispo de Lípari en 1593, diócesis que gobernó principalmente desde España, teniendo que renunciar a ella en 1599. Posteriormente ejerció como asistente de los arzobispos de Sevilla y Toledo.

En 1607 fue nombrado obispo de Chiapas y al año siguiente de Popayán, falleciendo en Nueva España en 1618.