Se han transmitido en el tiempo distintas leyendas que tratan de explicar el origen de este convento (P. Francisco González Fariñas).

Sabemos que en 1268, cuatro años después de la reconquista, el Rey Alfonso X el Sabio ordena fundar una encomienda de La Merced en Jerez, estaría establecida en el interior del recinto amurallado, por causas de seguridad, de la cual se encargaría el mercedario Fr. Pedro Pascual de Valencia, que llegaría a ser obispo y luego mártir. La misión de esta encomienda sería la de recaudar limosnas y ayudas para el rescate de cristianos cautivos en manos de los musulmanes.

Llegado el año 1340, y tras la gran derrota infligida por Alfonso XI a los benimerines en la Batalla del Salado, las poblaciones de la frontera pueden relajarse, y es entonces cuando la ciudad de Jerez rebasa el límite de sus murallas en las que había estado encerrada a los largo tres cuartos de siglo. En esa época, comienzan a surgir numerosas construcciones en dos puntos opuestos del exterior de la muralla. En sus alrededores, en calles tan populares y modestas como las que hoy conocemos por Santa María de la Merced, Nueva o Cantarería, en 1477 aparecen domiciliados personajes de relevancia.

Es a partir de entonces cuando tenemos noticias del comienzo de la construcción del actual templo, siguiendo durante ese siglo y el siguiente la edificación del claustro grande y del resto del monasterio. Sin embargo, siglo y medio antes, en 1377, encontramos que en el testamento de otro noble caballero, Garci Martín Montero, éste deja una cierta cantidad para la obra del Convento de la Merced. Lo que nos viene a decir que en ese tiempo ya se estaba edificando.

Recientes descubrimientos arqueológicos han documentado que, en el lugar a extramuros que antaño ocupara el molino, bodega y huerta del monasterio de la Merced, así como en sus aledaños, existió un asentamiento humano y un alfar datado en la época islámica. Lo que da cierta validez a una de las leyendas que tratan de explicar el origen de la virgen de la merced (en un horno de ladrillos).

En 1810, con la llegada de las tropas napoleónicas a la ciudad, la orden mercedaria huyó del inmueble conventual, el cual fue usado para acuartelamiento de las tropas. Tras el pronunciamiento de Riego, se vuelve a cerrar el convento.

Tras la desamortización de Mendizábal en 1836, se abandonaría definitivamente por los religiosos y se estableció, en lo que fuera convento mercedario, un hospital municipal, también llamado de la Merced, nombre que fue cambiado en 1862 por el de Santa Isabel de Hungría en honor a la reina Isabel II con motivo de la visita que girara a este centro junto con su esposo y prole.

Hasta el año 1870 y coincidiendo con la festividad de la Virgen de la Merced, que en siglos pasados se celebraba el 15 de agosto, tenía lugar la segunda de las ferias que por privilegio de Alfonso X el Sabio fueron concedidas a Jerez.

Posteriormente, el hospital municipal, clausurado en 1975, pasaría a ser el instituto de enseñanza secundaria «Santa Isabel de Hungría».

El Santuario de Nuestra Señora de la Merced fue elevado a basílica menor por el papa Pío XII en junio de 1949.