El establecimiento español en el Golfo de Guinea se produjo en el siglo XVIII, en virtud del Tratado Hispano-Lusitano de San Ildefonso del año 1777 y del de Pardo del año siguiente. Según sendos tratados, España renuncia a la posesión de Sacramento e Isla de Santa Catalina y recibe, a cambio, las Islas de Fernando Poo y Annobón, así como el derecho exclusivo a comerciar con la vecina costa africana.

Aunque obtenidos estos territorios de Portugal en 1778, España no haría una ocupación responsable del territorio hasta mediados del siglo XIX, coincidiendo con el impulso colonial africano, dado por la Real Sociedad Geográfica, creada en Madrid y por las exploraciones científicas llevadas a cabo en esa época.

Regirá las posesiones un Gobernador General nombrado por el Rey a propuesta del Ministro de Estado.

El Tratado de París de 1900 fija los límites de la presencia española y en 1904 se reglamenta la administración colonial de estas posesiones.

Administrativamente Guinea se separa en 1935 en dos distritos: Fernando Poo y Guinea Continental.

Tras el fin del Protectorado español sobre Marruecos en 1955, la política colonial española en Africa se reorganiza convirtiendo las posesiones en provincias. Así, Guinea se divide en dos provincias en 1959: Fernando Poo, Annobon e islotes vecinos, con capital en Santa Isabel y la provincia de Río Muni, antigua Guinea Continental con capital en Bata. Estas dos provincias se colocan bajo la autoridad de un Gobernador General y un Subgobernador Civil para cada una de las dos provincias.

El régimen municipal está formado por un Consejo vecinal o de vecinos, formado por europeos y africanos civilizados. El municipio indígena lo forman los naturales del lugar.

La actuación española sobre estos territorios finaliza el 12 de octubre de 1968, fecha en la que se firma el Acta de Independencia. El 16 de agosto de ese mismo año, un Decreto de Presidencia declaraba aprobada su Constitución y se convocaban elecciones generales.

La estructura institucional de la Administración colonial española en Guinea fue la siguiente:

Gobierno General de Guinea (1904-1958):

-Subgobierno de la Isla de Fernando Poo

-Subgobierno de la Guinea Continental

Gobierno General de Guinea (1959-1963):

-Gobierno Civil de Fernando Poo

-Gobierno Civil de Rio Muni.

Gobierno General de Guinea (1963-1969):

-Gobierno Civil de Fernando Poo

-Gobierno Civil de Río Muni

-Diputación Provincial

El fondo documental del Gobierno General de Guinea fue enviado desde la región Ecuatorial a la metrópoli tras la independencia en 1968. Se depositó en el Ministerio de la Presidencia del Gobierno, de quién dependía orgánicamente desde 1925.

El Archivo Central del Ministerio de la Presidencia transfirió al Archivo General de la Administración todo el fondo documental de Guinea. Aquí se incorporó a la denominada Sección de Africa. La Sección de Africa se crea en el Archivo General de la Administración, entre 1980 y 1986, con los diferentes fondos documentales que se han transferido a la Administración colonial española en el continente africano: Marruecos, Guinea y Sahara.