Los religiosos Hospitalarios de San Juan de Dios fundan el convento-hospital en Medina Sidonia en 1579, contiguo al convento de mínimos que había en la villa. Los terrenos se encontraban extramuros, a 1 kilómetro aproximadamente del pueblo, en unos terrenos donados por el Concejo y que habían servido de cementerio de apestados.

Fue su fundador el Padre Fray Juan Pecador, promotor de otras fundaciones en la provincia de Cádiz. Se mantenía principalmente de limosnas y donaciones, también de herencias, así como de la devoción que existía, entre asidonenses y forasteros, a una imagen de la Virgen de la Salud, a la que también ofrecían donativos.

Al estar alejados de la ciudad, pidieron los permisos necesarios para establecerse en el centro (en el lugar donde actualmente se encuentra la iglesia de la Victoria), donde construyen la iglesia y el hospital. Esta nueva situación dentro del núcleo urbano, sin embargo, no supuso una mejora, ya que las limosnas y ayudas que recibían del pueblo disminuyeron. Hacia 1650, aprovechando la situación en que se encontraban los mínimos, que deseaban un emplazamiento no tan alejado de la población, decidieron intercambiar los conventos, suponiendo para ambos una sustancial mejora, ya que los Mínimos encontraron un convento en el centro de la ciudad y los de San Juan de Dios una construcción amplia y adecuada a la función hospitalaria que ellos desarrollaban. Su situación en el campo, ventilada y más salubre que la concentración de la ciudad, ayudaba a aplicar el tratamiento a los enfermos de sífilis.

A finales del siglo XVII, el Presbítero y Canónigo de la Catedral de Cádiz, natural de Medina Sidonia, D. Cristóbal Patricio de la Gasca, costea la remodelación del convento adoptando la forma que más o menos íntegramente llega hasta nosotros. El hospital se dota de más enfermerías y dormitorios, para acoger a un mayor número de enfermos; también cuenta con nuevas celdas, patios y un hermoso claustro, así como una nueva iglesia, que fue el último edificio en construirse. Además, dispuso rentas suficientes para su mantenimiento.

La obra se terminó completamente a principios del siglo XVIII, y el Hospital continuó funcionando hasta el siglo XIX, aunque en sus últimos años se atendía preferentemente a la tropa. En 1835 se produce su exclaustración, con motivo del proceso de Desamortización de los Bienes de la Iglesia, vendiéndose el hospital y el convento.