El Convento de Nuestra Señora de la Cerca de Santiago de Compostela era heredero del antiguo convento de Santa María Magdalena en Arzúa. El arzobispo de Santiago, Juan Beltrán de Guevara, concedió autorización a sus religiosos para trasladarse a la ermita de Nuestra Señora de la Cerca el 13 de agosto de 1617. Su primer prior fue el padre Francisco Villagutiérrez.

El convento estaba situado entre la Pescadería y el Pico de la Cerca. El municipio concedió a los frailes varias casas vecinas a la ermita, que fueron adquiridas por 161 ducados. El 31 de agosto de 1632, el Conde de Altamira, Lope Moscoso, asumió el patronazgo del convento y le otorgó 1.200 ducados de renta a cambio de diversos privilegios para su familia y de dedicar el convento a la advocación de Nuestra Señora de la Cerca de Baldomar.

El edificio del convento tardó bastantes años en construirse debido a la magnitud de las obras y, de hecho, nunca llegó a completarse. La iglesia y el claustro fueron obra de Francisco González de Araujo y Bartolomé Fernández Lechuga. El proyecto también incluía dos torres, pero una de ellas fue destruida por un rayo que causó grandes daños al edificio en la noche del 28 de febrero de 1788.

El convento tenía una casa matriz para dar hábitos y hacer profesiones. También poseía un colegio de artes con cátedras de gramática, filosofía para religiosos, teología para religiosos y seglares y teología moral para religiosos y seglares, aunque no existía cátedra de teología general. Dos lectores se encargaban de la enseñanza.

Durante la Guerra de la Independencia (1808-1814), las tropas francesas ocuparon el convento y lo saquearon, pero los frailes pudieron restaurarlo tras el final de la guerra. Finalmente, el convento fue abandonado a finales de octubre de 1835 debido al Real Decreto de 11 de ese mes suprimiendo los monacales. La iglesia siguió abierta al culto durante varias décadas. Posteriormente, el edificio fue ocupado por los jesuitas y en la actualidad funciona como colegio mayor universitario.