El origen del convento nos es desconocido, sabemos que en el año 848 podría haber sido conocido como Vilanova, siendo su abad Trasoari, protegido del conde Frédol de Toulouse, que había colaborado en la fundación del monasterio de Sant Julià de Sentís. En el s. X el monasterio ya posee el nombre de Lavaix, convirtiéndose a la regla de San Benito en el año 947 y contando con el favor de los condes de Ribagorça y Pallars que, debido a la condición fronteriza del monasterio, competían por su favor.

Durante el s. X el monasterio vivió una época de auge debido a las donaciones condales. En estos años se llevó a cabo una expansión y renovación de las dependencias monacales e iglesia. No obstante, durante el s. XI comenzó una época de decadencia en la que el monasterio perdió vocaciones y bienes materiales. Por ello en 1092, la casa pasa a formar parte de la regla canónica agustiniana. Durante la época agustina se vivió un nuevo auge del monasterio, prueba de ello es la anexión de Sant Genís de Bellera en 1112. Durante el s. XII el monasterio vivió un nuevo proceso constructivo debido a la protección de los señores de Erill, que emprendieron obras de mejora de las instalaciones, además de la construcción de un claustro donde ubicaron un panteón para los miembros de la familia.

En el s. XIII comenzó un nuevo ciclo de decadencia en el convento, por lo que, en 1223 el obispo de Lérida, Berenguer de Erill, que pertenecía a la familia protectora del monasterio, ordenó la transformación de Lavaix a la orden Cisterciense, pasando a depender del monasterio de Bonafont en Occitania. Ésto fue ratificado el mismo año por el papa Honorio III. A partir de este momento el monasterio vive un periodo de auge muy prolongado que duraría hasta la edad moderna. En 1230, un conjunto de monjes der Lavaix fundaron el monasterio de Santa María de Fontclara en el Bajo Cinca. Con las donaciones de la familia Erill, fueron construidos dos palacios, uno abadial y otro señorial.

En el s. XIX comenzó el cese de la vida monacal de Lavaix, los cistercienses tuvieron que abandonar el monasterio durante el Trienio Liberal, debido a la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. Aunque regresaron los monjes, el proceso de decadencia era imparable. Durante las Guerras Carlistas el monasterio fue saqueado y destruido, en 1833 la biblioteca fue incendiada. Finalmente, en 1835, Lavaix cierra definitivamente sus puertas como resultado de la exclaustración decretada por Mendizábal.