La Junta Suprema de Reintegros se constituyó formalmente el día 24 de noviembre de 1814 y también se la conoció como Junta de Confiscos y como Junta Suprema de Bienes Confiscados.

Estaría compuesta por cinco ministros de los distintos consejos y por el fiscal más antiguo del Consejo Real. Cuando se crea está formada por Antonio Álvarez de Contreras y Antonio Ignacio de Cortabarría, del Consejo de Castilla, Francisco Ibáñez Leyva, del de Indias, Francisco Javier Adell, del de las Órdenes Militares, Jaime Álvarez de Mendieta, del Consejo de Hacienda, y Manuel Vicente de Torres Cónsul, como fiscal más antiguo del Consejo Real. Además, se nombró escribano de cámara de la Junta a Manuel Abad, que lo era del Consejo de Castilla, relator al licenciado José Pérez de Rivas, portero al del mismo Consejo Antonio Regidor y escribiente a Juan Antonio Monasterio.

Las decisiones de la Junta fueron inapelables y de ejecución inmediata. En el caso de que se derivaran de ellas acciones judiciales, éstas serían de competencia de los juzgados y tribunales ordinarios.

Además de la Suprema, se establecieron juntas territoriales en todas las capitales que tuvieran audiencia, que tendrían como función el desarrollo de esta competencia en el territorio de su jurisdicción. Estas juntas estarían formadas por el regente de la audiencia o, en su defecto, por el oidor decano, dos ministros y el fiscal más antiguo de la misma. Las juntas territoriales debían ocuparse de todo lo relativo al reintegro de los bienes confiscados y de incoar los expedientes contra los compradores y usufructuarios de los mismos durante el gobierno de José I. Debían dar cuenta mensual a la Junta Suprema del estado de los procedimientos que tuvieran abiertos y de las cantidades pecuniarias que hubieran recaudado para el Real Fisco. En lo demás, gozarían de total independencia respecto de la Junta Suprema.

La Junta Suprema ejercería estas competencias en la ciudad de Madrid y su provincia, y actuaba, además, como órgano consultivo para todas las territoriales, que deberían adecuar sus decisiones a la doctrina que la Suprema fijaba.

La Junta fijó sus sesiones para los miércoles y los sábados, a la misma hora en que se reunía el Consejo de Castilla. Por esta razón no se pudieron usar sus locales y se pidió al Ayuntamiento de Madrid que les prestase alguna sala donde poder reunirse. El concejo prestó los locales de la Casa de la Aduana Vieja, situada en la desaparecida plaza de la Leña, hoy calle de la Bolsa. En ese edificio se habilitaron dos salas, una para las reuniones de la Junta y otra para el despacho de los asuntos. Allí estuvo instalada hasta agosto de 1818, fecha a partir de la cual pudo reunirse en las dependencias del Consejo de Castilla.

La Junta ejerció sus funciones durante casi seis años. El restablecimiento del régimen constitucional que propició el pronunciamiento del general Riego en 1820 supuso la abolición de todas las instituciones del Antiguo Régimen y, entre ellas, la Junta Suprema de Reintegros, que fue suprimida por decreto de 7 de marzo de 1820.

En 1809 el rey José I decretó la supresión de todas las órdenes religiosas, el cierre de sus conventos y monasterios y la incautación de todos sus bienes, que pasaron a constituir la masa de "bienes nacionales" propiedad del Estado, que posteriormente, ya desamortizados, fueron puestos a la venta y pasaron a manos privadas. La restauración del Absolutismo en 1814, supuso la anulación de todas estas medidas. Así, Fernando VII dispuso que se reinstaurasen las órdenes religiosas y se les devolviesen sus bienes. Por este motivo, se decidió crear un organismo específico que se encargase de la restitución de los llamados bienes nacionales confiscados por el gobierno de José Bonaparte y de la represión de las personas que se habían beneficiado de ellos. Este organismo fue la Junta Suprema de Reintegros.

La documentación de la Junta se custodia en el Archivo Histórico Nacional (Madrid) y la cuestión sobre la que la ofrece una mayor información es la de la Desamortización de los bienes de la Iglesia, iniciada por Carlos III y Carlos IV, continuada por el propio José I y culminada a lo largo del siglo XIX por diferentes gobiernos liberales.

Así, en el fondo documental de la Junta se contienen los expedientes gubernativos que se siguieron después de la Guerra de la Independencia española contra los compradores de bienes nacionales de la jurisdicción de Madrid y la Corte, si bien los bienes comprados estaban situados por toda España. Además de estos expedientes, se conservan en el fondo los expedientes generales de gestión de la Junta Suprema de Reintegros y de sus relaciones con las juntas territoriales. Junto a ellos, hay también expedientes de consultas elevadas al rey y toda la documentación propia de la Secretaría. Además de esto, la documentación de Bienes Nacionales contiene documentos relativos a las subastas y ventas de los bienes desamortizados realizadas por el Gobierno josefino en Madrid.