La administración estatal del sistema penitenciario inicia su andadura en la Edad Contemporánea adscrito al Ministerio de Fomento General del Reino, creado en 1832, convertido en 1834 en Ministerio del Interior, entre cuyas competencias se encuentran las "cárceles, casas de corrección y presidios". En ese año se promulgará la Ordenanza General de los Presidios del Reino, que contempla la creación de una Dirección General de Presidios para el gobierno superior de todos los establecimientos penitenciarios, y que estará en activo hasta 1847.

Desde entonces y hasta 1887, el Ministerio de la Gobernación asumirá las competencias de prisiones, junto a las de orden público, seguridad, gobierno interior, administración local, correos y telégrafos, beneficencia y sanidad. Tras la Ordenanza de 1834, aparece la Ley de 26 de julio de 1849 que establece el régimen general de prisiones, cárceles y casas de corrección.

Desde 1852 existirá una Dirección General de Establecimientos Penales para la administración del sistema penitenciario. Su organización interna, aunque sometida a cambios en la segunda mitad del siglo XIX, se estructura en varios negociados, como los ocho relacionados en el Reglamento Interior del Ministerio de la Gobernación de 1874:

- Negociado 1º: Personal de presidios y cárceles; Fianzas; Visitas; Reformas; Presupuestos del personal.

- Negociado 2º: Presupuesto general; Manutención de penados y reclusas; Cuenta y razón con el almacén general; Contratas de vestuarios y equipos; Utensilio y mobiliario; Efectos y gastos de escritorio; Talleres; Subastas y contratas de servicios.

- Negociado 3º: Presupuestos de ingresos; Examen de cuentas, obligaciones, productos y fabricación; Inventario general; Cuentas de vestuario y calzado.

- Negociado 4º: Ahorros.

- Negociado 5º: Organización y reglamentos; Cumplimientos de condenas; Licenciamientos; Rebajas; Conducción de cuerdas; Indultos; Creación y supresión de presidios; Concesión de penados para obras.

- Negociado 6º: Obras; Reformas y mejoras; Enajenaciones y adquisiciones; Presupuestos de obras; Incidentes.

- Negociado 7º: Estadística penitenciaria; Destino de rematados; Traslaciones; Incidencias.

- Negociado 8º: Registro general de la Sección.

La permanencia del sistema penitenciario en el organigrama del Ministerio de la Gobernación finalizará en 1887, pasando al Ministerio de Gracia y Justicia, departamento que asumirá la gestión de las prisiones hasta 1996. A la altura de 1889 la Dirección General de Establecimientos Penales se dividía en dos Secciones, la Administrativa, con cuatro negociados (intervención y contabilidad, suministros y material de penales, conducciones, personal de establecimientos penales y cárceles); y la Sección Penitenciaria, estructurada en otros cuatro negociados (régimen, destino de penados; sanidad penitenciaria; inspección, reforma y estadística).

El siglo XX se inicia con una batería reformadora entre la que destaca la fusión en 1901 de la Dirección General de Establecimientos Penales y el Cuerpo de Establecimientos Penales en un nuevo Cuerpo Especial de Prisiones, bajo la jefatura del Director General de Prisiones, dando así carta de naturaleza a la nueva Dirección General de Prisiones, que mantendrá su denominación durante largas décadas hasta la creación de la Dirección General de Instituciones Penitenciarias en 1968. Esta disposición también es importante por crear el cargo de Inspector General de Prisiones, germen del servicio de Inspección de los establecimientos, que tendrá su primer reglamento en 1903.

En 1905 la Dirección General de Prisiones está compuesta por cuatro secciones:

- Sección 1ª, de Inspección y Estadística, comprendía los siguientes servicios: Inspección; Estadística; Formación y publicación del Anuario Penitenciario; Arquitectura penitenciaria; Legislación penitenciaria; Destino de penados; Conducciones de presos y penados; Cumplimiento de condenas.

- Sección 2ª, de Organización penitenciaria, comprendía los siguientes servicios: Personal central; Personal de las prisiones y su disciplina; Enseñanza elemental e industrial; Organización del trabajo; Instituciones tutelares; Colonias penitenciarias; Reformatorios; Establecimiento y régimen de los economatos y otros servicios reproductivos.

- Sección 3ª, de Contabilidad e Intervención, comprendía los siguientes servicios: Formación de presupuestos y examen de cuentas; Contratación de servicios públicos y constitución y devolución de fianzas; Suministros y material de penales; Obras; Habilitación; Registro general: Peculio de los reclusos y socorros de marcha.

- Sección 4ª, de Servicios sanitarios y de identificación judicial, comprendía los siguientes servicios: Sanidad penitenciaria; Locos y manicomios; Registro central de penados y rebeldes; Registro central de reseñas antropométricas.

El sistema penitenciario fue objeto de una reglamentación sistemática y exhaustiva mediante el Real Decreto de 5 de mayo de 1913. El Reglamento definía, clasificaba y regulaba en su título I el personal de prisiones, la inspección local y general, el ingreso en el Cuerpo de Prisiones, la Escuela de Criminología, el régimen de ascensos e incidencias de los empleados, sus recompensas, los procedimientos gubernativos (capítulo VIII), el uniforme y el armamento. El título II organizaba los servicios, el título III el régimen y disciplina general de las Prisiones, con su clasificación, el título IV el régimen económico y administrativo de los establecimientos, su contabilidad y documentación. El Reglamento concebía una inspección centralizada en la Dirección General de Prisiones, dividida en Inspección General (a cargo del Inspector General de prisiones y cuatro Inspectores Centrales, que actuaban sobre un territorio nacional dividido en cuatro Regiones o Zonas) y Provincial (a cargo del Jefe o Director de Prisiones de mayor categoría en su demarcación).

Desaparecida fugazmente entre 1924 y 1925 a causa de las modificaciones administrativas derivadas del golpe de estado de Primo de Rivera, la Dirección General de Prisiones volverá a la planta del Ministerio de Gracia y Justicia junto a las Direcciones Generales de Justicia, Culto y Registros y Notariado. La gestión del sistema penitenciario quedaba a cargo de nueve secciones.

Antes de la caída de la Monarquía el sistema penitenciario se vio dotado de un nuevo Reglamento, de noviembre de 1930, que reemplazaba al de 1913 y que se mantendrá vigente, con algunas modificaciones en el período republicano, hasta su reemplazo en 1948.

En 1931 la Dirección General de Prisiones contaba con diez secciones: Sección 1ª, de Alimentación; Sección 2ª, de Instrucción y Trabajo; Sección 3ª, de Estadística; Sección 4ª, de Obras y Alquileres; Sección 5ª, de Régimen; Sección 6ª, de Personal; Sección 7ª, de Clasificación; Sección 8ª, de Identificación; Sección 9ª, de Intervención y Contabilidad; Sección 10ª, de Libertad condicional.

Iniciada la Guerra Civil, la organización interna de la Dirección General de Prisiones del Ministerio de Justicia republicano no experimentará cambios de relieve. Por su parte, el bando sublevado creará en julio de 1937 una Dirección de Prisiones dependiente de la Presidencia de la Junta Técnica de Estado. En 1938 se reintegra el sistema penitenciario al recién creado Ministerio de Justicia, formando el Servicio Nacional de Prisiones, junto a los Servicios Nacionales de Justicia, Registros y Notariado, y Asuntos Eclesiásticos, servicios que se convertirán en Direcciones Generales en agosto de 1939.

La primera Dirección General de Prisiones del nuevo Estado franquista se dividía en dos Secciones, Administrativa y Penitenciaria. La Sección Administrativa comprendía los negociados de: Personal técnico y auxiliar de prisiones; Alimentación, vestuario y equipo de los reclusos; Obras de construcción y reparación de los establecimientos; Utensilio, alumbrado y calefacción de las prisiones; Intervención y contabilidad; Estadística; Registro General. La Sección Penitenciaria comprendía los negociados de: Régimen y disciplina de los reclusos; Instrucción y trabajo; Clasificación, destino y conducciones de penados y presos; Identificación; Registro Central de Penados y Rebeldes; Registro Central de Identificación; Libertad condicional y Patronato; Disciplina de los funcionarios; Expedientes gubernativos de corrección y recompensa. De forma independiente existe una Inspección Central que enlaza con "las Inspecciones Regionales o Provinciales que se consideren necesarias". Estas secciones estaban apoyadas en una Secretaría Técnica, encargada de tramitar asuntos de orden jurídico-penitenciario y de relación con autoridades y centros, de sustitución del Jefe del Servicio Nacional en ausencia o enfermedad (por tanto, en calidad de Subdirector) y de inspección con facultad de visita a centros e instrucción de expedientes gubernativos contra funcionarios de Prisiones.

En octubre de 1938 se creaba, adscrito al Servicio Nacional de Prisiones, el Patronato Central para la Redención de Penas por el Trabajo, y en septiembre de 1939, dependiente de la Presidencia del Gobierno, pero en estrecha conexión con el Patronato y la Dirección General de Prisiones, el Servicio de Colonias Penitenciarias Militarizadas. En noviembre de 1942 era reorganizada la Dirección General de Prisiones, quedando constituida por los organismos y servicios siguientes: Centro Directivo; Patronato Central de Redención de Penas por el Trabajo; Secretaría Técnica; Boletín Oficial de la Dirección General; y Registro General, Información y Estadística. El Centro Directivo estaría integrado por nueve Secciones: Personal; Régimen; Obras; Facultativa; Religiosa; Identificación; Obligaciones; Intervención y Contabilidad; y Clasificación.

En diciembre de 1942 se reorganizará el servicio de inspección penitenciaria, a tres niveles: Central, Regional (dividiendo el territorio nacional en 8 regiones) y Provincial. Y un nuevo reglamento de los Servicios de Prisiones, de 1948, reemplazará el todavía vigente de 1930.

Finalmente, en 1968 la Dirección General de Prisiones era sustituida por una nueva Dirección General de Instituciones Penitenciarias, con la siguiente estructura: Director General: Servicio Técnico y Jurídico de Asuntos Penitenciarios; Inspección General Penitenciaria; y Servicio de Asuntos Administrativos y Económicos de la Dirección General de Instituciones Penitenciarias.