El Real Acuerdo de la Real Chancillería de Valladolid estaba formado por el presidente, el conjunto de oidores de las Salas de lo Civil, y por el escribano de cámara de más antigüedad, que se denominaba secretario del Acuerdo, y se encargaba en general de los asuntos gubernativos e internos de la Real Chancillería. En este sentido, en la Recopilación de las Ordenanzas de la Real Audiencia y Chancillería de Valladolid de 1566, en el libro primero, título segundo, Del presidente y oidores, se regula el Acuerdo como órgano de gobierno interno de la Chancillería, formado por el presidente y los oidores. Era competente sobre toda la jurisdicción de la Chancillería hasta la creación del Acuerdo de lo Criminal en 1771.

La figura central y más importante del Real Acuerdo era el presidente de la Real Audiencia y Chancillería. En un principio este cargo recaía sobre dignidades eclesiásticas, principalmente obispos, hasta que Felipe II nombra como presidente a un letrado. A partir de entonces el cargo de presidente de la Real Audiencia y Chancillería de Valladolid sería el último eslabón de la carrera judicial en Castilla. Por decreto de 30 de noviembre de 1800 desaparece la figura del presidente de la Chancillería, cargo que se ocupa por un Capitán General Presidente y un Regente.

De gran importancia era también la figura del secretario del Acuerdo, entre cuyas funciones estaba la de dar forma escrita a los decretos y ordenanzas del Acuerdo relativas al funcionamiento interno de los distintos oficios, aranceles o tasas a cobrar, formularios de sentencias y otros tipos documentales, etc.

Los acuerdos generales debían celebrarse los mismos días fijados para los acuerdos de justicia y antes de su realización, de modo que primero se congregaban el presidente y oidores para tratar de los asuntos comunes (y propios, en todo caso, del Acuerdo General), repartiéndose después los magistrados por salas para votar los pleitos pendientes que a cada uno correspondiese.

Ejercía una función de reglamentación interior que venía a completar la otorgada por los reyes y cortes, a través de autos de trascendencia normativa o determinación. La labor legislativa del Real Acuerdo se refleja en los libros de Actas de la institución y en la documentación producida por el secretario del Acuerdo. Tiene las funciones propias del gobierno interior o económico del complejo de tribunales y dependencias que forman la Corte y Chancillería: recibimientos de magistrados y oficiales, mediante la presentación de los títulos reales correspondientes; envío y recepción de las nóminas anuales; exámenes y nombramientos de oficiales y otras gentes que requerían de licencia y autorización para actuar en el foro (como los abogados y procuradores); juramentos, recepción, y obedecimiento de cualesquiera disposiciones reales, libradas de oficio o a instancia de parte y presentadas por ésta en el acuerdo; consultas no sólo de la audiencia al rey, sino también del rey o su consejo a la audiencia, etc. El acuerdo carecía de atribuciones procesales, que eran propias de las salas.

Las labores gubernativas externas del Presidente se centraban sobre todo en todo lo relacionado con el orden público y vigilancia penitenciaria en el rastro del tribunal, la aprobación de ordenanzas de gremios, etc.