La jurisdicción especial de responsabilidades políticas tiene su origen en la Ley de 9 de febrero de 1939 de responsabilidades políticas.

En su artículo primero la ley "declara la responsabilidad política de las personas, tanto jurídicas como físicas, que, desde el primero de octubre de mil novecientos treinta y cuatro y antes del dieciocho de julio de mil novecientos treinta y seis, contribuyeron a crear o a agravar la subversión de todo orden de que se hizo víctima a España y de aquellas otras que, a partir de la segunda de dichas fechas, se hayan opuesto o se opongan al Movimiento Nacional con actos concretos o con pasividad grave".

Para estas personas la ley establece tres tipos de sanciones:

- Restrictivas de la actividad. Inhabilitación absoluta o especial, que incluye la pérdida de empleos y cargos públicos y la incapacidad para obtenerlos durante el tiempo de la condena. Lo mismo era aplicable a las empresas, asociaciones y corporaciones oficiales, establecimientos de crédito o cualquier otra entidad que explotase servicios públicos.

- Limitativas de la libertad de residencia. Destierro a un país extranjero (extrañamiento), a las posesiones africanas de España (relegación) o a otra localidad española distinta del lugar de residencia (confinamiento).

- Económicas. Multas de diversa cuantía y pérdida de bienes total o parcial.

En casos excepcionales de gravedad extraordinaria los tribunales podían proponer al Gobierno la pérdida de la nacionalidad española, disponiendo la ley que en tales casos sería preceptivo imponer en las sentencias las sanciones de extrañamiento y de pérdida total de bienes.

En ningún caso podían los tribunales de la jurisdicción de responsabilidades políticas dictar penas de prisión.

En virtud de la ley se crean el Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas, un órgano administrativo anejo al mismo llamado Jefatura Superior Administrativa, los tribunales regionales de responsabilidades políticas, unos juzgados instructores provinciales de responsabilidades políticas y unos juzgados civiles especiales.

La jurisdicción especial de responsabilidades políticas fue modificada en profundidad mediante la Ley de 19 de febrero de 1942 sobre reforma de la de Responsabilidades Políticas.

Los tribunales regionales de responsabilidades políticas fueron suprimidos, pasando sus funciones a las Audiencias Provinciales. También fueron suprimidos los juzgados instructores provinciales y los juzgados civiles especiales, cuyas funciones pasaron a ser desempeñadas por los Juzgados de Instrucción y de Primera Instancia de la jurisdicción ordinaria. También quedaba suprimida la Jefatura Superior Administrativa de Responsabilidades Políticas.

El Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas no fue suprimido, pero dejaba de depender de la Vicepresidencia del Gobierno y quedaba supeditado al Ministerio de Justicia. Además, se creaba una segunda sala dentro del tribunal para agilizar el despacho de los asuntos.

La jurisdicción especial de responsabilidades políticas fue suprimida por Decreto de 13 de abril de 1945, publicado en el BOE de 25 de abril.

Se declaraba caducada la vigencia de las leyes de 9 de febrero de 1939 y de 19 de febrero de 1942 en lo referente a la incoación de nuevos procedimientos y se suprimía el Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas, que era sustituido por una Comisión liquidadora dependiente del Ministerio de Justicia.

Por lo tanto, a partir de este decreto ya no volvieron a abrirse nuevas causas de responsabilidades políticas, pero la Comisión liquidadora y las Audiencia Provinciales continuaron la tramitación de los expedientes incoados hasta la fecha y se encargaron de recaudar las multas impuestas que todavía no hubiesen sido pagadas.

Finalmente, en virtud del Decreto 2824/1966, de 10 de noviembre, de indulto para extinción definitiva de responsabilidades políticas (BOE número 271, de 12 de noviembre) se dictó el perdón general para todas las personas a quienes les fuesen exigibles responsabilidades políticas. Se concede el indulto total de las sanciones pendientes de cumplimiento derivadas de la legislación especial de responsabilidades políticas, cualquiera que fuese su clase y la autoridad o tribunal que las hubiese impuesto. La Comisión Liquidadora de Responsabilidades Políticas se encargaría de llevar a cabo la ejecución del indulto durante un plazo que finalizaría el 31 de diciembre de 1966, en cuya fecha quedaría disuelta, así como los organismos de ella dependientes. Sin embargo, las inhabilitaciones y prohibiciones impuestas en aplicación de la ley de responsabilidades políticas contra los exiliados siguieron vigentes hasta después de la muerte de Francisco Franco.