La ciudad de Daroca fue conquistada por Alfonso I de Aragón hacia 1120, convirtiéndose en vanguardia fronteriza del reino. Con el otorgamiento del fuero en 1142 se la dotó de una gran jurisdicción territorial, de la que posteriormente se desgajó la zona sur para formar el territorio asignado a Teruel. En un primer momento, la jurisdicción y gobierno del territorio quedó plenamente en manos de la ciudad y oficiales reales. Pronto las aldeas que componían el territorio comenzaron a reclamar más independencia y en 1248, Jaime I les autorizó a que realizasen sus propias reuniones, o plegas, al margen de la ciudad y tener sus propias ordenanzas. A partir de ese momento va adquiriendo, paulatinamente, unas atribuciones mayores, con una jurisdicción plena y una estructura institucional y administrativa independiente de la ciudad, que funcionó hasta 1833.

El término Comunidad, referido a las cuatro históricas comunidades aragonesas (Daroca, Calatayud, Teruel y Albarracín) no es, sin embargo, sinónimo de agrupación de aldeas o lugares dependientes de un núcleo urbano principal. Por el contrario, las comunidades de Aragón estuvieron integradas por villas y lugares jurídicamente iguales que, en un principio, se unieron frente a la villa que los había gobernado con mayor o menor despotismo durante un determinado tiempo. En ningún momento, las villas, después ciudades, que dieron nombre a las Comunidades (Daroca, Calatayud, Teruel y Albarracín) llegaron a formar parte de ellas. Es más, el origen de cada Comunidad coincide con su separación oficial de la villa de la que hasta entonces había dependido.

En el marco histórico de la España del Antiguo Régimen, la Comunidad de Daroca y el resto de las comunidades aragonesas emergían como un oasis de libertad, política y teóricamente casi utópico para la época, en el que regían unas especiales formas de organización: autogobierno, autofinanciación, representación propia en Cortes, igualdad jurídica de sus gentes, amplia participación popular en las instituciones de la Comunidad y de los lugares, etc.

El archivo se custodiaba en Cariñena y allí permaneció hasta que se extinguió el organismo. Ingresó en el año 1871 en el Archivo Histórico Nacional. Desde entonces se custodia en la sección Diversos de dicho archivo.