El Colegio de Nuestra Señora de Loreto de Salamanca fue fundado en 1582. Su fundación fue confirmada posteriormente por el papa Gregorio XIII. Ya se había establecido un colegio cisterciense en Salamanca en 1505, pero había sido trasladado a Alcalá de Henares en 1534. Los quince primeros monjes tomaron posesión del colegio en 1583 y ese mismo año fue incorporado a la Universidad de Salamanca. Los monjes no podían votar en las vacantes de cátedras, pero podían predicar sermones durante las festividades litúrgicas. El colegio disponía de 2.340 ducados anuales de renta e inició sus funciones docentes en el curso 1588-1589. El edificio estaba situado extramuros, junto a la puerta de San Francisco, debido a la falta de espacio dentro de la ciudad. Los monjes recibieron numerosas donaciones para su construcción, incluyendo 2.000 ducados del rey Felipe II. Las obras del edificio se extendieron entre 1583 y 1620 bajo la dirección de Juan de Nates, Hernando de Nates, Juan de Nates Naveda, Juan Moreno, Miguel de Ontiveros, Pedro Gutiérrez, Pedro Pedrera, Francisco de la Hoya y Ángel Manrique. La iglesia se construyó más tarde, entre 1626 y 1697. En el siglo XVIII los monjes quisieron ampliar el edificio con un colegio filosófico, pero no pudieron hacerlo debido a un pleito con las autoridades municipales sobre la propiedad de los terrenos colindantes. La Guerra de la Independencia (1808-1814) interrumpió la vida del colegio. Las tropas del general Wellington utilizaron el edificio como emplazamiento para baterías de artillería en 1812. Posteriormente fue empleado como hospital militar, lo que obligó a los monjes a abandonarlo. El colegio fue restaurado tras el fin del conflicto, pero fue cerrado durante el Trienio Liberal (1820-1823) debido a la supresión de las órdenes monásticas por la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820. El colegio se restableció tras la caída de los liberales, pero fue suprimido definitivamente por el general Jalón y el gobernador civil de Salamanca en agosto de 1835, tras la publicación del Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos. La exclaustración fue confirmada por el Real Decreto de 11 de octubre suprimiendo los monacales.