Esta Junta fue creada el 18 de junio de 1808, en Lérida, fusionando las Juntas Corregimentales que habían organizado la resistencia contra la ocupación napoleónica del territorio español. Desaparece el 1 de diciembre de 1812 al acabar la Guerra de la Independencia.

Bajo la autoridad del capitán general Lacy, se produjo la sustitución de la Junta Superior por la Diputación Provincial de Cataluña, que se constituyó el 30 de noviembre de 1812. Con el regreso de Fernando VII y la restauración del absolutismo en 1814, desaparecieron las instituciones emanadas de la Constitución de Cádiz y, entre ellas, la Diputación Provincial, que fue recuperada en 1820 al inicio del Trienio Constitucional.

El fondo documental de la Junta contiene documentación de la administración española en Cataluña durante la Guerra de la Independencia española (1808-1814). Incluye Reales Órdenes y Cedulas remitidas por el Gobierno a la Diputación Provincial, tras la disolución de la Junta.

En 1817, el General Castaños, Capitán General de Cataluña, depositó en el Archivo de la Corona de Aragón la documentación generada por la Junta, que se hallaba en la secretaría de la Capitanía General de Cataluña.

De esta Junta hay testimonios en el Archivo Histórico Nacional, en la Secretaría del Despacho de la Gobernación de la Península, donde se tramitó el expediente general de disolución de la Junta.