En 1481 sucedió a su padre, el I conde de Cabra, en la casa y estados de Cabra y Baena. Fue también II vizconde de Iznájar y IV señor de Baena. Era hijo de Diego Fernández de Córdoba, I conde de Cabra, y de María Carrillo. Contrajo matrimonio con María Hurtado de Mendoza y Luna, hija segunda de Diego Hurtado de Mendoza, I duque del Infantado, y de Brianda de Luna y Mendoza, con quien tuvo ocho hijos: 1º Diego Fernández de Córdoba, que pasará a ser el III conde de Cabra; 2º Íñigo Fernández de Córdoba y de Mendoza, tronco de los señores de Huétor de Santillán; 3º Francisco de Mendoza y de Córdoba, que fue obispo de Oviedo y de Palencia; 4º Fernando de Córdoba y de Mendoza, que fue presidente de las órdenes de Calatrava y Santiago; 5º Juan Fernández de Córdoba, que murió joven y soltero; 6º Antonio Fernández de Córdoba y de Mendoza, por su matrimonio fue señor de las Villas de Torrequebradilla y de Torralba, que hizo la línea de los vizcondes de las Torres y condes de Torralba; 7º María Carrillo de Córdoba, que se hizo monja; 8º Brianda de Mendoza y de Córdoba, que casó con Diego Ramírez de Guzmán, I conde de Teba.

Entre otros cargos, fue mariscal de Castilla, alguacil mayor de Córdoba, alcaide de sus Reales Alcázares, alcaide y alcalde mayor de Alcalá la Real, del Consejo del Rey Enrique IV y de los Reyes Católicos. Por último, destacar que Diego Fernández de Córdoba derrotó y apresó a Boabdil, último rey nazarí de Granada.