La institución fue creada por el rey Pedro II (III) el Grande (importándola de Sicilia, donde existía una curia magistrum rationalium). Fue regulada por Pedro IV el Ceremonioso en las "Ordinacions" (Ordenaciones de Corte) del año 1344.

Es la institución de la administración central de la Corona de Aragón encargada del control de las cuentas de las magistraturas reales en todos sus territorios, con funciones de intervención y, sobre todo, de tribunal de cuentas. Ante el Maestre Racional rendían cuentas los tesoreros, los procuradores, el Escribano de Ración, los administradores de rentas y, en general, todos aquellos que hubieran manejado dineros reales.

La unidad del oficio se rompe en el siglo XV con la creación del Maestre Racional del Reino de Valencia (1419) y del de Aragón (1420). El antiguo Maestre Racional mantiene su sede en Barcelona, pero con jurisdicción muy recortada. Incluso, con la reorganización del Consejo de Aragón y con la castellanización de la administración austríaca, el Maestre Racional tendrá una posición inferior a la del Tesorero, invirtiéndose, así, la antigua relación jerárquica. La magistratura desaparece en 1714 con los Borbones y sus funciones son asumidas por la Intendencia.

El Maestre Racional dispuso desde sus orígenes de un Archivo diferenciado del Archivo Real, pero en dependencias del mismo Palacio Real. Allí se mantuvo incluso después de la supresión de la institución en 1714, hasta que en 1819 se trasladó a la Casa de la Bailía General (Plaza de Sant Jaume, en Barcelona), uniéndose en un mismo edificio con el Archivo de la Bailía. Se cumplía así lo dispuesto en el Reglamento para la nueva planta, custodia y gobierno del Archivo de la Bailía General, de 1804, por el que se incorporaba a éste el Archivo del Maestre Racional, pasando todo el conjunto a denominarse Archivo General del Real Patrimonio.

Desde 1819, por tanto, ambos archivos han estado juntos en una misma y única institución, manteniéndose sus fondos en general separados y diferenciados, pero sin que se pudieran evitar en los sucesivos traslados mezclas de documentación.

En 1932, la República decide la incorporación del Archivo General del Real Patrimonio al Archivo de la Corona de Aragón (art. 12 de la Ley de 22 de marzo de 1932), que se hace efectiva en 1934 (Orden de 1 de febrero), trasladándose los fondos a la sede del ACA en julio de 1936, poco antes de iniciarse la Guerra Civil.