Fue el último colegio universitario que se erigió en Alcalá de Henares. Este colegio debe su origen a la supresión de los colegios menores de la fundación cisneriana. Todos ellos se fusionaron en uno solo, bajo la advocación de la Inmaculada Concepción, en virtud de R.O. de Carlos III, de 13 de marzo de 1779. Las Constituciones se publicaron en Aranjuez, en 27 de abril de 1780

La fundación de este nuevo colegio estuvo motivada por la necesidad de llevar a la práctica los planes de agrupación de colegios preconizados por la Reforma de Pedro Díaz de Rojas. En él se reunieron todos los colegios cisnerianos en uno sólo, excepto el de San Pedro y San Pablo.

La administración y gobierno del colegio dependía del cancelario de la universidad ydel abad de San Justo, Pedro Díaz de Rojas, artífice de la reforma, pero seguía financiándose con las rentas del Colegio Mayor.

El número de becas era de 62: 21 de gramáticos, 20 de filósofos, 5 de lenguas, 4 de médicos y 12 de teólogos. Las becas tenían una duración variable en funcion de la clase de estudios. Además del rey, los patronos del colegio eran los designados por Cisneros en las constituciones para sus colegios menores. El nuevo colegio se instaló en la sede del colegio Madre de Dios. Ante la disminución de sus rentas, el colegio se clausuró por los años de 1814-1815.

El fondo documental se custodia en el Archivo Histórico Nacional (AHN) de Madrid. Su documentación se compone de reales ordenes y memoriales, informaciones genealógicas de colegiales, oposiciones a becas (1780-1808), admisión de colegiales, inventarios de bienes muebles, cuentas y venta judicial de capellanías (1733-1836) y cuadernos de gastos ordinarios (1781-1815).