El Colegio de la Madre de Dios se denominó también colegio de los Teólogos por ser la mayoría de sus colegiales estudiantes de Teología. Es uno de los colegios de pobres fundados por el Cardenal Cisneros para estudiantes sin recursos.

Fue inaugurado el 23 de marzo de 1513 con 24 becas para colegiales, de ellos 18 teólogos y 6 médicos, que se fueron reduciendo en sucesivas reformas. Para poder ser colegial se exigía el grado de licenciado en Artes y superar un examen sobre un texto de Aristóteles. La beca duraba en principio cuatro años para los teólogos y tres para los médicos, pero en 1600 se dictó una provisión para que los teólogos pudiesen estar seis años, que posteriormente se ampliaron en cuatro más como porcionistas.

El gobierno del colegio estaba a cargo de un vicerrector y dos consiliarios conforme al modelo establecido para los colegios de pobres. Junto a los colegiales convivían familiares para el servicio, y oficiales (barbero, panadero, aguador y despensero). Un buen número de colegiales teólogos pasaron después al Colegio Mayor de San Ildefonso, y tuvieron un papel destacado en la docencia como catedráticos de artes y de teología, o en la medicina, como prestigiosos profesionales.

Tras la reforma del cancelario Pedro Díaz de Rojas se incorporó en 1779, junto con los demás colegios cisnerianos excepto el de San Pedro y San Pablo, al Colegio de la Inmaculada Concepción, sirviendo su edificio para la instalación de este nuevo colegio.