Creado por Real Decreto 426/1999 con la finalidad de conservar y disponer los fondos documentales relativos al periodo comprendido entre 1936 y 1978 para la investigación, la cultura y la información.

En su aparición se ha considerado fundamental el hecho de que la guerra civil es uno de los periodos de mayor trascendencia en la historia de España pues de su desarrollo ha dependido en buena parte lo ocurrido en los años posteriores a la misma, por lo cual reunir en este Centro el mayor número de documentos que sobre el acontecimiento y sus consecuencias se hallen será la tarea prioritaria en la que debe empeñarse el nuevo centro.

Contrariamente a lo que su nombre puede parecer indicar, éste no es un Centro creado únicamente por el interés erudito de favorecer el estudio de una época y de un acontecimiento, la guerra civil española, sino que además es un fruto directo de la misma y por lo tanto uno de los centros básicos para su conocimiento.

Su ubicación en Salamanca se debe a que durante los primeros años del conflicto en esta ciudad fijó su sede el Cuartel General de Franco, en cuyo seno surgieron diversos organismos encargados de acumular información sobre el enemigo, gérmenes de lo que hoy es el Centro. En 1937 se crearon la Oficina de Investigación y Propaganda Anticomunista (OIPA), por Orden de 20 de abril, y la Delegación Nacional de Asuntos Especiales, por otra del 29 de mayo. La primera tenía claramente unos fines contrapropagandísticos, mientras que la segunda centraba sus actividades en los asuntos referentes a las sectas secretas, cuya documentación debía recoger para crear un archivo que permitiera "conocer, desenmascarar y sancionar a los enemigos de la Patria".

Unos meses más tarde, en junio y a partir de la toma de Bilbao, se organiza la "recuperación de documentos" nombrando un jefe de requisa, y constituyendo el 14 de julio un servicio de recuperación de documentos pertenecientes al enemigo que actuaría en los territorios que iba ocupando el Ejército nacionalista, al cual se le dio rango administrativo cuando por Decreto de 26 de abril de 1938 se crea la Delegación del Estado para Recuperación de Documentos.

Esta Delegación y la de Asuntos Especiales, creadas en un corto periodo de tiempo con una finalidad similar, tendieron a fusionarse unas veces de hecho y otras de derecho, quedando bajo la dependencia de una misma persona, Marcelino de Ulibarri y Eguilaz, que también encabezará el organismo que en 1944 las reúne formalmente dentro de la Presidencia del Gobierno, la Delegación Nacional de Servicios Documentales. Su función seguirá siendo la misma: facilitar al Estado cuantos antecedentes se le soliciten sobre las personas que se encontraban en los documentos de su archivo, continuando con la selección y el tratamiento de documentos incautados en territorio republicano para con ellos realizar tareas de contrapropaganda e información, ligadas a la represión de los elementos disidentes del régimen implantado tras la finalización del conflicto bélico.

Con la muerte de Francisco Franco comienza un nuevo periodo de transición a un sistema democrático durante el cual desapareció toda una serie de organismos y unidades administrativas que como los servicios documentales dejaban de tener sentido, y así se hizo en la reestructuración de la Presidencia del Gobierno en 1977, integrándose su archivo en el recién creado Ministerio de Cultura, con el que en 1979 se forma una división independiente del Archivo Histórico Nacional que más tarde se denominó "Sección Guerra Civil".

Este nuevo nombre que sirvió para integrar este archivo en la red del Estado no ha producido sino un cierto confusionismo con respecto a lo que en realidad guarda, ocultando en cierta forma que el núcleo de lo que hoy existe no es sino el archivo del que fue uno de los servicios de información creado por el régimen de Franco para el control y la represión de los ciudadanos, el cual ya en el momento de su desaparición incluía otro gran fondo documental procedente de un organismo participante en la cadena represiva, el del Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo. A éstos se unieron con posterioridad, y ya con un criterio puramente de materia, fondos y colecciones de documentos transferidos o adquiridos por el Ministerio de Cultura relativos a la época de la guerra y a sus consecuencias, especialmente el exilio.