Al convento de de Nuestra Señora de Belén de Granada, se le atribuye una fundación real, en 1492 bajo el patronato de los Reyes Católicos,para la redención de los cautivos.

En un primer momento, se dice que se ubicaría en una capilla levantada hacia 1497, por devoción de un tal Alonso Gallego, a la entrada de la ciudad por el Camino Real de Santa Fe, lugar que fue después Hospital de San Lázaro (en la Caleta). Según fuentes consultadas, hacia 1500, otras fuentes apuntan al año 1514, el padre Gonzalo de Úbeda, obispo auxiliar de Granada y comendador del convento mercedario, traslada el convento hacia las inmediaciones de la Puerta de Elvira, donde adquieren un corral de ganado y matadero junto a la iglesia de San Ildefonso, cerca de la Puerta de Elvira, construyéndose en 1530 iglesia y convento de estilo mudéjar. Iglesia, que actualmente existe, aunque transformada y que ocupa la esquina que forman las calles Acera de San Ildefonso y Cuesta de la Alhacaba. Del convento destacan el claustro y la cubierta de la escalera.

Situados extramuros de la ciudad, en lugar escasamente poblado, para atraer el mayor número de devotos, y con ello la posibilidad de mayores ingresos económicos en demandas, cultos y misas, al igual que otras órdenes religiosas, favorecen el establecimiento en la iglesia de su convento hermandades y cofradías. Se fundaría allí, entre 1575 y 1580, la Hermandad de penitencia de la Sangre de Nuestro Señor Jesucristo.

Desde la exclaustración en el s. XIX, fue utilizado como penitenciaría y finalmente, hasta la actualidad, como cuartel. Estos usos han modificado mucho su fábrica original, sobre todo han afectado a la iglesia.