El 14 de frebrero de 1593 Felipe Voquín de Vocanegra, Regidor de Cádiz, viendo las penurias que pasaban los agustinos destinados a indias en el puerto, quiso donar unas casas que poseía en la Plaza de la Candelaria y una iglesia que allí comenzó a construir. El protocolo de fundación se firmó el 14 de febrero de 1593, y en él se pedía que el convento se hiciera bajo la advocación de Nuestra Señora de las Nieves, de la que era devoto Felipe Voquín. El 2 de abril la orden tomó posesión del convento.

Pero casi al momento de instalarse, se encontraron los frailes con la oposición del tesorero de la catedral, Cristóbal Marín, y la de Diego de Villarino y Bartolomé de Amaya, regidores de la ciudad. El juez para el caso fué el padre guardián del convento de San Francisco, que en todo momento se mostró contrario al asentamiento de los agustinos.

No obstante, hubo que esperar más para la fundación definitiva, y es que, estando esos años España en guerra con Iglaterra, la ciudad de Cádiz soportó en 1596 el saqueo de la flota inglesa al mando de Charles Horward. Varios años después, en 1617, se reanudan las gestiones para lograr la fundación. Así el 23 de septiembre, el Consejo de la ciudad aprueba el asentamiento agustino, aunque instan a buscar otro emplazamiento distinto al de las casas donadas por Voquín de Vocanegra.

Finalmente es en la Plazuela de Pedro Vidal donde se asentarán, en unas casas vendidas el 23 de noviembre de 1617 por el caipitán Lorenzo de Herrera Vetancor. El titular advocación usada en este nuevo asentamiento es San Agustín.

El convento poseía noviciado y estudios de Matemáticas, Filosofía y Teología. En 1810 fue el único convento que se mantuvo abierto dentro de la provincia agustiniana de Andalucía. Ya que Cádiz era la única población conservada por el gobierno español durante la Guerra de lndependencia.

El convento cierra sus puertas en 1835 debido a los decretos de exclaustración de Mendizábal. Aunque el 25 de abril de 1915, el papa Benedicto XV obtiene la devolución de la iglesia y edifico contiguo por Alfonso XIII. El 27 de mayo el Obispo de Cádiz, cede los edificios a la orden agustina, para establecer una residencia de la provincia agustiniana de Filipinas, que se inauguraría el 2 de octubre de 1915.