La orden de los agustinos descalzos, intentó afianzarse en Granada en 1603, en la ermita de Nuestra Señora de las Angustias. El arzobispo Pedro de Castro se negó, por lo que Felipe III cede a la orden el Hospital General de Moriscos por Provisión Real de mayo de 1604, el 31 de diciembre de 1613 se establecen allí. Y tras conseguir los permisos necesarios, las obras para levantar el nuevo convento, empiezan a mediados del S.XVII, contando con el patrocionio de Antonio de Aróstegui, secretario del rey. No obstante las obras tardaron en completarse, ya que tras la muerte de su patrocinador, la orden tuvo que hacer grandes desembolsos económicos. Finalmente el 25 de octubre de 1694 es inaugurada Nuestra Señora de Loreto.

Ya en el s. XVIII comenzó la decadencia del convento, primero con las reducciones de frailes impuestas en el reinado de Carlos III, y después por la desamortación dada en el reinado de Carlos IV. Aunque el golpe final lo sufrió el convento durante la Guerra de la Independencia. En 1810 fecha en que el ejército francés entra en Granada y se aplica la legislación desamortizadora de José Bonaparte. En este caso, el convento fué usado con fines militares y acabó arrasado.

Durante el Trienio Liberal y con las obras para rehabilitar el convento muy lejos de terminar, sufre otro cierre debido a la aplicación de la Ley sobre monasterios y conventos. Y aunque vuelven en 1823, la situación es de altas dificultades económicas y vocacionales. En 1835, con los decretos de exclaustración de Mendizabal, el convento cierra sus puertas definitivamente.