Los carmelitas calzados de Jaén contaron con el apoyo del obispo de Jaén, Alonso de la Fuente el Sauce, y su confesor, fray Andrés de Zaragoza, carmelita procedente del convento de Ávila, que consiguieron que los frailes pudieran asentarse en la ermita de la Virgen Coronada, situada extramuros. Para ello el obispo emprendió negociaciones con una cofradía de ballesteros que habían combatido en la reconquista y que aceptaron el traslado de la comunidad carmelita.

El obispo Fuente el Sauce se convirtió en el patrón de los carmelitas y el primer prior fue el propio fray Andrés de Zaragoza. La labor de patronazgo del obispo la heredó su sobrino Ambrosio Suárez, presbítero, que emprendió obras de engrandecimiento de la iglesia. En las últimas decadas del siglo XVI comenzó un periodo de decadencia del convento debido a la crisis económica y a las epidemias que padeció Jaén. En este contexto la situación extramuros del convento no facilitaba nada la vida de los carmelitas.

Una salida a la crisis que intentaron los carmelitas fue crear una segunda casa dentro de la ciudad, donde hospedar y curar a frailes enfermos o ancianos. El nuevo convento se iba a llamar Virgen del Carmen, incluso el 23 de noviembre de 1602 fue escogido un prior, pero finalmente no se pudo llevar a cabo la fundación. Por ello, casi dos décadas más tarde, el 18 de septiembre de 1621, el convento de la Virgen Coronada fue trasladado al centro de la ciudad. En estos años la familia Parejas, familiares del obispo Suárez, serían los benefactores.

La vida del convento llegaría a su fin el 30 de agosto de 1835, cuando fueron aplicados los decretos de exclaustración de Mendizábal.