La llegada de los mercedarios a Avilés está relacionada con el abandono de la comunidad religiosa que había en el Monasterio de Santa María de Raíces, cercano a Avilés, en el concejo de Castrillón. En 1481 los franciscanos fueron expulsados de Raíces y su lugar fue ocupado por frailes mercedarios, cuya estancia se prolongó hasta finales del siglo XVII.

En 1670 se funda la nueva comunidad en Avilés. El primer marqués de Camposagrado Don Gutierre Sebastián Bernaldo de Quirós y Alas Carreño, nombrado en 1666 Alférez Mayor de Avilés por Doña Mariana de Austria, y posteriormente su hijo Don Martín Bernaldo de Quirós, segundo marqués de Camposagrado, fueron los promotores del nuevo convento mercedario en Avilés.

La orden fue poco a poco trasladando sus bienes al nuevo edificio, ya que la antigua propiedad de Raíces fue arrendada a un particular. Los inicios no fueron fáciles ya que no se contaba inicialmente con la aprobación del Consejo de Castilla, que no veía la necesidad de aumentar el número de las comunidades religiosas en una ciudad como Avilés que, en aquella época, tenía aproximadamente 500 habitantes y ya contaba con dos conventos y varias iglesias.

Las diligencias llevadas a cabo por el juez primero de Avilés don Diego de Miranda, el Obispo de Oviedo, el Provincial y el Comendador de la Orden Mercedaria consiguieron convencer a las Consejo. En 1668 consiguieron la licencia y en 1689 pudieron presenciar como el templo era consagrado, aun sin terminar. El maestro de obra designado fue Diego de Cantera y según Pascual Madoz...la construcción llegó a tener dos grandes patios, los claustros embaldosados, buenos y dilatados salones y una huerta con fuente y prado. En cuanto a la iglesia estaba construida con solidez y elegancia, siendo la mejor de Avilés.

La comunidad de mercedarios nunca fue de las más numerosas de Avilés. El Catastro del Marqués de la Ensenada, en 1753, recogía que los religiosos mercedarios eran 23 sacerdotes, 1 novicio y 2 legos y en el Censo del Conde de Aranda, realizado entre 1768 y 1769, el resultado fue de 26 sacerdotes y 4 legos.

El convento de la Merced tuvo una historia muy corta, fue desamortizado en 1836. En esos momentos, según Madoz, contaba con 12 frailes, 2 legos y 2 criados. Los monjes fueron expulsados y el convento llegó a tener hasta quince usos: asilo, colegio, telégrafos, fábrica de tejidos, cuadras, etc. A finales del siglo XIX fue derribado y sus restos fueron aprovechados por otros templos de la ciudad.

Actualmente en su espacio se levanta la iglesia de Santo Tomás de Canterbury, también conocida como iglesia de Sabugo.