El convento de Nuestra Señora de la Merced de Huesca fue fundado por el rey Jaime I de Aragón, el Conquistador (1213-1276), en 1251 (según el Padre Huesca, antes de 1224), en la iglesia y claustro de Nuestra Señora de Acosta, junto a los jardines reales, entre las calles de Padre Huesca (antes de Población), la Merced y San Lorenzo (Salas).

El convento, mediante breve pontificio de Gregorio XIII (1578), pasó a ser colegio, a donde llegaban los estudiantes de teología de la propia orden; la Universidad Sertoriana lo adscribió a ella.

Tras un período de decadencia, en 1603, el Rector, el padre mercedario fray Tomás Vazquez saneó sus rentas y levantó un edificio nuevo con claustro, sobreclaustro y celdas. La iglesia, también de nueva planta, era de una sola nave. Para su edificación pudo seguirse el modelo jesuítico. Fue bendecida en 1617; en esta fecha ni el convento ni la iglesia estaban finalizados. Según señala Aynsa (1619) la iglesia estaba cubierta pero carecía de bóvedas interiores.

La comunidad conventual mercedaria de Huesca, además de realizar sus deberes propios, destacó en dar importantes catedráticos, eclesiásticos, etc. reunieron una biblioteca y un gabinete de numismática. Recibió gran parte de los objetos artísticos e históricos y antigüedades del Museo de Lastanosa.

Tras la exclaustración fue destinado a cuartel, desalojado por su estado ruinoso se vendió en pública subasta.

Con la desamortización el edificio pasó a ser la sede de la Real Sociedad Económica de Amigos del País; se impartieron clases gratuitas de Historia, Geografía, Matemáticas y Taquigrafía y se formó un museo de pintura con los cuadros procedentes de los conventos desamortizados. En 1848 se convirtió en cuartel, pasó a ser propiedad particular y nuevamente desempeñó funciones castrenses hasta hace pocos años.