Las crónicas de la época datan la fundación del Monasterio en 1272 sobre la ermita de Santa Quiteria, aunque los documentos más antiguos conservados corresponden al siglo XIV. Se trata de uno de los conventos más importantes de la Orden en Castilla, destaca la Sala Capitular donde fueron celebrados varios capítulos generales y provinciales de la Orden Mercedaria, en los que tomaron parte representantes de los monasterios mercedarios más importantes de todo el mundo para decidir los designios de la institución.

La importancia que alcanzó el Monasterio también se veía reflejada en la vida y actividades de la ciudad, contribuyendo de un modo decisivo a la caracterización del espacio urbano. Al igual que otras comunidades religiosas se edificaron fuera de las murallas, pero en el siglo XV, con el crecimiento de los arrabales en Huete, hizo que el monasterio se quedara rodeado de casas y terrenos de cultivo.

En Huete la mayoría de las escrituras de donación disponibles tienen como destinatario al cabildo de clérigos parroquiales de la ciudad, pero también eran numerosas las que tenían como beneficiarios al monasterio de la Merced. De estas últimas se conservan dos relaciones en las que se detallan bienes urbanos explotados a censo y un buen número de contratos diversos. Otras posesiones las consiguieron a través de donaciones de otras comunidades religiosas, como en 1051, cuando al convertirse todos los islamitas de la ciudad a la fe cristiana, consiguieron el osario y la mezquita mudéjar, situados junto al monasterio de la Merced, permitiendo ampliar y redondear el solar del monasterio.

Con todo ello la comunidad mercedaria de Huete fue sumando importancia, que se iba reflejando en su prestigio entre la población, en el crecimiento de sus propiedades y en el avance del solar sobre el que se establecía. El edificio, de proporciones majestuosas, se ha ido completando a lo largo de los siglos. El claustro, entre 1645 y 1647, uno de los mejores patios barrocos de la provincia, diseñado y construido por el arquitecto Cosme de Peñalacia. La sacristía en 1754 y una ampliación junto a las fachadas en la segunda mitad del siglo XVIII.

La comunidad mercedaria permaneció en el monasterio hasta 1835, actualmente el edifico alberga el Ayuntamiento de la ciudad, biblioteca, muesos, etc. En el año 1992 fue declarado Monumento Nacional de Bien de Interés Cultural.