El traslado de la capital desde Toledo a Madrid bajo el reinado de Felipe II trajo como consecuencia la fundación de numerosos conventos en la nueva capital. Uno de ellos fue el de los mercedarios calzados, en 1564, fundado por fray Gaspar de Torres, Provincial de Castilla, catedrático de Salamanca y obispo auxiliar de Sevilla.

Gaspar de torres reunió rentas de varios conventos de Castilla con las que compró una casa en la que entraron los primeros ocho religiosos procedentes de Guadalajara y Toledo. La solemne inauguración corrió a cargo de fray Bernardo de Fresneda, obispo de Cuenca y confesor real, y la primera misa se celebró el día 4 de septiembre de 1564.

Las obras del nuevo edificio, que estaba rodeado por las calles de Cosme de Médicis, Remedios y Merced, desaparecidas posteriormente con el derribo del monasterio, se llevaron a acabo a lo largo de doscientos años. El convento tenía tres pisos, celdas para algo más de cien religiosos y un gran claustro realizado a semejanza del segundo claustro del monasterio de El Escorial. Las instalaciones contaban, entre otras dependencias, con enfermería, botica, imprenta y tahona.

La importancia del nuevo convento mercedario de Madrid fue aumentando progresivamente en los siguientes años, ampliándose por compras y donaciones de casas y terrenos. Durante el siglo XVII acogió temporalmente a la Real Congregación de los esclavos de Nuestra Señora de Los Remedios, fundada por Felipe III y por la que también se conoce al convento. En ese periodo llegó a alojar a más de cien religiosos, uno de ellos el ilustre fray Gabriel Téllez, más conocido como Tirso de Molina, dramaturgo madrileño que da nombre a la plaza que hoy ocupa el espacio del desaparecido convento mercedario.

Las dificultades llegaron al convento en el siglo XIX, en agosto de 1809 los frailes fueron expulsados y el convento desvalijado por las tropas francesas. Los mercedarios volvieron en 1814, con el regreso al trono de Fernando VII, aunque de manera temporal, ya que en 1836 el convento fue cerrado por la Desamortización de Mendizábal.

Poco antes de ser clausurado, el convento de Nuestra Señora de la Merced no fue ajeno a la conocida como matanza de frailes en Madrid, del 17 de julio de 1834, en la que varios conventos de la capital fueron asaltados con el resultado de 73 frailes asesinados, según el recuento oficial, de los cuales entre ocho y doce, según las distintas fuentes, pertenecían al convento mercedario. Tras la desamortización las instalaciones fueron demolidas y en su lugar se abrió una plaza que en principio se llamó del Progreso y posteriormente tomó el nombre de Tirso de Molina, en recuerdo de su más famoso inquilino.