La fundación del convento de la Merced de Málaga se encuadra en el contexto de la reconquista de la ciudad por los Reyes Católicos hacia 1487. A raíz de este hecho los mercedarios deciden establecerse definitivamente en la ciudad y en 1499, en el capítulo Provincial de la Orden celebrado en Sevilla presidido por el capellán de los Reyes Católicos el padre Antonio de Valladolid, aceptan una ermita y otras posesiones a las afueras de Málaga, donadas por Alfonso de Ribera, uno de los conquistadores y más tarde miembro de la comunidad.

Ese primer enclave situado en la zona denominada cerro de Gibralfaro recibió el nombre de la Santa Veracruz, por una cruz de madera que dejaron los Reyes Católicos cuando entraron en la ciudad de Málaga. Sin embargo, se trataba de una ubicación poco segura, debido a los continuos saqueos de los corsarios que desembarcaban en la cercana playa, lo que llevó a los religiosos mercedarios a solicitar al Obispo un lugar más céntrico y seguro. La petición corrió a cargo del fraile bachiller Diego de Roa, y el lugar elegido fueron unos terrenos en el arrabal, dentro de las murallas, frente a la que se conocía como Puerta de Granada. La adjudicación fue confirmada por la Reina Juana de Castilla, el 12 de Noviembre de 1507 y por el Papa Julio II, el 10 de Abril de 1508.

El nombre inicial, por orden papal, fue convento de la Madre de Dios y tuvo una importancia destacada en la vida de la ciudad. Además de su labor religiosa destacó por las estrechas relaciones que mantenía con el Cabildo municipal y por el número de rentas y propiedades, rústicas y urbanas, que fue acumulando. De es este inventario de casas, huertas y cortijos, hay una importante documentación recogida en el Archivo de Protocolos de Málaga.

Los recursos económicos del convento iban más allá de los terrenos que poseía, la concesión de censos, limosnas, donaciones, renuncia de legítimas y sobre todo las donaciones de particulares y patronatos, eran otros cauces por los que la comunidad obtenía buena parte de retribuciones monetarias. Todo este poder económico que llegó a poseer el convento hasta el siglo XVIII se puede observar en la declaración de bienes que se vio obligado a hacer, al igual que todos los conventos de la ciudad, en 1795, para hacer frente al pago del Real Subsidio y que en el caso del convento mercedario quedó recogido en el Archivo Catedralicio de Málaga.

En 1773 los monjes malagueños de la Merced decidieron edificar una nueva iglesia, de estilo renacentista, cuyas obras de construcción se alargaron más de dos décadas. Con la Desamortización de 1836 llegó el fin del convento de la Merced en Málaga, quedando solo en pie la iglesia, hasta que se quemó en 1931.