Fue fundado en el S. XIII por los Caballeros Seglares de la Orden de los Mercedarios Redentarios que acompañaron al rey Fernando III en la conquista de Úbeda. Fue bajo la tutela del obispo Fray Pedro Nicolás Pascual de Valencia cuando se ordenó levantar el convento y tuvo a la familia Pardo de la Casta como ilustres patronos.

Algunas fuentes datan la fundación en el año 1234, otras en 1246 y las hay que la retrasan casi medio siglo más tarde. Una de estas fuentes es Fray Guillermo Vázquez, mercedario, que en el "Boletín de la Orden de la Merced" de 1932, dice refiriéndose a la Provincia de Andalucía, que en 1269 Arnaldo de Montesón cede a la Orden de la Merced ciertas casas y heredades que poseía en Úbeda para la fundación del convento. Para este historiador, y para otros cronistas de la orden de los mercedarios, este es el momento exacto de la fundación.

La comunidad permaneció en el convento de Úbeda hasta el siglo XIX, situado en la que se conoce como cuesta de la Merced. Exclaustrados en 1808, la Regencia del Reino, en 27 de agosto de 1814, ordena la entrega del convento. También paso por momentos críticos durante el trienio, aunque en 1823 los religiosos volvieron a hacerse cargo de nuevo del convento.

Nuestra señora de la Merced de Úbeda, junto con otros conventos de la ciudad, se clausura en 1836 como parte del programa de desamortización de bienes de Mendizábal. La iglesia se abría los días festivos, pero antes de finalizar el año 1836, imágenes y objetos de culto fueron trasladados a la parroquia de San Millán. Su último Comendador fue Fray Luis Jiménez, en 1836. Actualmente solo se conservan los restos de un muro y de una puerta.