La fundación del convento de clarisas de Huete se remonta a principios del siglo XVI, cuando los franciscanos solicitan al Concejo de la ciudad poder tomar posesión del que había sido convento de San Francisco.

Piden, además, que se incorpore la propiedad de una ermita y algunos edificios que había junto al convento. En uno de estos locales se ubicaba la sede de una cofradía conocida como de la Misericordia.

En 1503 la cofradía cede el lugar al Concejo que a su vez lo cede a la orden para que pudieran, finalmente, hacer la nueva fundación. Será oficial en el año 1520, cuando cuatro religiosas del Real Monasterio de Santa Clara de Alcocer llegan a Huete para instalarse en el nuevo convento.

Permanecerían en la casa hasta el siglo XIX. En 1835 se ven afectadas por los decretos de exclaustración de Mendizabal que les obliga a abandonar el convento. Así, en 1836 se trasladan a otro covento de la misma orden en el municipio de Priego, Cuenca.

Desde que quedara vacío empieza a producirse el deterioro del edificio.

En torno a 1904 ya sólo quedaban algunos restos sobre los que se levantaría la Fabrica de Harinas La Paz.