En la última década del siglo XV y en la primera mitad del siglo XVI, reinando los Reyes Católicos y Carlos I, fueron creadas en Baza diferentes iglesias, ermitas, conventos, altares y retablos exteriores de culto junto a las puertas principales de las murallas.

Una de estas construcciones es la Iglesia-convento de la Merced o el Santuario de la Virgen de la Piedad. EI origen de este santuario está ligado a la ermita de Santa María de la Piedad, fundación privada, de carácter nobiliario, ligada a uno de los caballeros castellanos que participaron en la conquista de Baza, don Luis de Acuña, capitán de los Reyes Católicos, hijo del Conde de Buendía y sobrino de Alonso Carrillo de Acuna, Arzobispo de Toledo. Don Luis también estaba emparentado con el matrimonio Enríquez-Luna, era primo de doña María de Luna, este es un hecho fundamental ya que esta familia será la que tenga el derecho de patronato, construya la capilla mayor y será enterrada en ella.

Es posible que la construcción de la ermita se iniciase en torno a 1490, sobre una antigua rabita o morabito (ermita); ligada a esta construcción está la leyenda de la aparición de la Virgen de la Piedad encontrada por el obrero de Guadix. Se ha conservado manuscritos y crónicas realizados por religiosos de la institución y de la Orden de la Merced pero apuntan a fechas distintas de fundación(1502-1507).

En 1523 la ermita fue cedida a la orden de la Merced, era una construcción de una sola nave con capacidad para unas cincuenta personas y la cabecera estaba separada del resto por una reja, en la que se guardaban escasos elementos de carácter funcional.

A partir de este momento se inicia la historia constructiva del convento.

La Larga duración de la construcción, se prolongo hasta el último tercio del siglo XVIII,

Como sucedió en el panorama general de la Monarquía Católica, se dio una fuerte sacralización de la sociedad. Por ello, no nos debe de extrañar que este siglo XVII fuera el de mayor auge para el convento mercedario de Baza como bien pone de manifiesto Magaña Visbal. Su comunidad ya ascendía a treinta frailes y fundaron un colegio religioso que fue uno de los más importantes de Andalucía.

Durante esta centuria el convento de la Merced recibió grandes donaciones como fue, de personalidades como: la reina madre, doña Mariana de Austria como muestra de agradecimiento a la Virgen de la Piedad por haber realizado el milagro de que su hijo, el rey Carlos II, sanara de unas viruelas que tuvo siendo niño. Otra donación considerable fue toda la plata y oro que donó fray Andrés Sánchez de las Navas y Quevedo, obispo de Guatemala y Nicaragua. Resulta que dicho fraile era natural de Baza y profesó en el convento de la Merced de Baza.

Dentro de los progresos materiales que hizo el convento conviene que destacar el precioso camarín barroco de la Virgen de la Piedad, sobre todo por la iconografía y simbología monárquica que presenta. El nuevo retablo y la reforma de la portada realizada en 1777.

A lo largo de todo el siglo XVIII el convento tuvo grandes pleitos con la Colegiata por unas cuestiones de protocolo en el sistema organizativo de las procesiones, de las rogativas y se elevó hasta las supremas instancias del Consejo de Castilla ganándolo la Colegiata.

La invasión francesa de Baza acaecida en 1810 supuso la disolución de la comunidad y el expolio de muchas de sus obras de arte. Durante el tiempo que las tropas napoleónicas dominaron la ciudad de Baza, la Virgen de la Piedad fue trasladada a la colegiata, donde se le dio culto hasta 1813, fecha en la que se restituyó dicha imagen a su convento. El convento de la Merced de Baza resistió a la exclaustración dictaminada por las Cortes de Cádiz, a diferencia de lo que le ocurrió al convento de la Merced de Granada, por consiguiente la mayoría de los religiosos mercedarios de Granada pasaron al convento de Baza. Sin embargo, el convento de la Merced de Baza sucumbió a la exclaustración y desamortización de Mendizábal en 1836.

Dos años más tarde, por Real Orden del 21 de septiembre de 1838, la Iglesia del antiguo convento se habilitó para el culto, devolviéndose la imagen de la Virgen de la Piedad y extinguiéndose el antiguo convento mercedario. Será esta la fecha en que los religiosos mercedarios abandonaran Baza definitivamente hasta la actualidad.

El 19 de noviembre de 1897 el obispo de Guadix-Baza entregó a los franciscanos de la Provincia Franciscana de Murcia el convento. En 1922, la Comunidad abrió un colegio anexo denominado de Nuestra Señora de la Piedad de PP. Franciscanos de Baza que fue reconocido por la Universidad de Granada.

El antiguo convento de la Merced ha estado custodiado por los PP. Franciscanos hasta el año 2008 cuando por causas de fuerza mayor, el Padre Provincial de Murcia así lo decretó debido a la falta de vocaciones.